福建君子峰国家级自然保护区位于福建省三明市明溪县境内，始建于1995年。2003年，经福建省人民政府批准为省级自然保护区，2008年1月经国务院批准晋升为国家级自然保护区。保护区总面积18060.5公顷，其中核心区面积7497.6公顷，缓冲区面积4035.8公顷，实验区面积6527.1公顷。是以保护中亚热带、低纬度、低海拔平缓坡面的常绿阔叶林，木本药用植物种质资源，名贵用材树种种质资源，重点保护的野生动物、候鸟迁徙通道等原始森林生态系统为主的自然保护区。

2003年2月11日，经福建省人民政府批准，明溪君子峰省级自然保护区、明溪均峰山省级自然保护区成立。

2004年3月8日，明溪县君子峰、均峰山省级自然保护区管理处实行了一个机构两个牌子，为副科级机构；内设办公室、经常项目基建科、资源保护科、科技科和旅游产业社会管理科；人员编制12名。

2006年5月8日，经福建省人民政府批准，明溪君子峰和均峰山两个省级自然保护区合并为福建君子峰自然保护区。

2008年1月14日，经国务院批准，福建君子峰自然保护区晋升为国家级自然保护区。

2009年6月24日，国家林业局批复福建君子峰国家级自然保护区总体规划。7月13日，国家林业局批复福建君子峰国家级自然保护区基础设施建设项目可行性研究报告，批复项目资金1130万。

2010年7月30日，福建君子峰国家级自然保护区管理局确定机构规格为相当副处级，核定副处级领导职数1名。8月25日，福建君子峰国家级自然保护区基础设施建设项目初步设计得到批复。

2012年1月8日，福建君子峰国家级自然保护区管理局党支部成立。1月16日，福建君子峰国家级自然保护区管理局重新核定人员编制60人，其中行政管理人员28人，专业技术人员26人，工勤人员6人。

2023年10月，福建君子峰国家级自然保护区工作人员在新一轮回收的红外相机监测数据中，发现了被誉为“鸟中仙女”的国家二级重点保护野生鸟类仙八色鸫的身影。这是三明市明溪县首次影像记录到该物种，同时刷新了君子峰保护区的鸟类记录。

福建君子峰国家级自然保护区位于武夷山脉中段东坡余脉，横跨明溪县，涉及明溪县的夏坊、枫溪、盖洋、夏阳、沙溪5个乡镇15个行政村，与泰宁县的龙安、大布乡，建宁县均口乡，三明市三元区和梅列区毗邻。地理坐标为：东经116°47′21″～117°31′22″，北纬26°19′03″～26°39′18″。

保护区属中亚热带海洋性季风气候，年平均气温18℃，无霜期260d左右，年均降水量1737mm，年平均相对湿度84%，年平均雾日36d。

由花岗岩和片岩发育的红壤是保护区的主要土壤类型，沿海拔梯度依次分布有红壤、黄红壤、黄壤，800m以上分布有黄壤或粗骨性黄壤，海拔600m以下基本是红壤。

保护区主要河流有夏坊溪、苎畲溪、城岚溪、夏阳溪4条，前3条注入金溪水系，后1条注入沙溪水系，均属闽江上源。

福建君子峰国家级自然保护区总面积18060.5公顷，其中核心区面积7497.6公顷，缓冲区面积4035.8公顷，实验区面积6527.1公顷。东以夏阳乡紫云村仑板山为起点，向东南沿山脊经850米、912米、775米山峰到太华山865米山峰为东界，与三明市梅列区成大镇沙焦村及三元区岩前镇吉口村相接；南以太华山963米山峰为起点，经942米峰、紫云村与梓口坊村交界山峰、龙笔山峰、罗厝枕峰、617米峰，经生态廊道至常坪村的庵垄顶峰、黄牛寨峰、白岚溪、寒潭溪、盖洋溪、水口电站大坝、苎畲村后山、龙坑村农田界、夏坊村交界718米峰、小珩村交界977米峰、667米峰、里地小溪、茶壶坑小溪、枫溪至雷打石村道、至与宁化县交界处；西以与三明的宁化、建宁二县县界为界；北从三县交界处起，经1046米峰、1172米峰、君子峰、868米峰、李家岭沟、泰宁县龙安乡与盖洋镇交界的水口溪，明溪、泰宁、将乐三县交界处503米峰、555米峰、630米峰、莲花山峰、广东寨、仙水岩、经生态廊道至陈坊村路口、福田寨水坝、724米峰、851米峰、歪边山峰、紫云村农田界至杉板坑小溪止。

主要保护对象为常绿阔叶林和黄腹角雉、南方红豆杉；君子峰省级自然保护区面积13848公顷，主要保护常绿阔叶林、南方红豆杉。

截至2007年，据科学调查，福建君子峰国家级自然保护区有高等植物286科927属2038种，大型真菌38科136种，微生物10目18科35属56种，脊椎动物30目85科386种，昆虫30目260科1645种。其中属国家一级保护植物有钟萼木、银杏、南方红豆杉3种，国家一级保护动物有云豹、黄腹角雉、蟒蛇3种。

植物

建明溪是已知低海拔、大面积分布的中亚热带基带常绿阔叶林唯一区域，而且群落原生性极强，保护区内植被类型有温性针叶林、针阔叶混交林、暖性针叶林、落叶阔叶林、常绿落叶阔叶混交林、常绿阔叶林、竹林、常绿阔叶灌丛和草丛等9个植被型33个群系60个群丛。如闽楠林（分布面积3000公顷）、吊皮锥林、米槠林、苦槠林、细柄阿丁枫林、观光木林都保存完好，且闽楠林有闽楠—箬竹—狗脊群丛、闽楠—九节龙—凤丫蕨群丛、闽楠—紫金牛—鸢尾群丛等多个群落类型。常绿阔叶林是本区域的地带性植被。闽楠林、苦槠林、甜槠林、米槠林、吊皮锥林、钩栲林、观光木林、江南油杉林、南方红豆杉林等保存较完好。保护区已查明维管束植物资源115目219科1692种，其中蕨类6目39科180种、裸子植物2目7科14种、被子植物107目173科1498种。被子植物中木兰纲5目6科23种、樟纲3目3科41种、胡椒纲2目3科9种、石竹纲5目8科49种、百合纲22目35科297种、毛茛纲5目10科42种、金缕梅纲5目7科62种、蔷薇纲60目116科975种。保护区内经济植物资源非常丰富，有药用植物776种，食用植物102种，园林绿化植物173种、鞣料植物37种、油脂植物115种、芳香植物47种、蜜源植物119种、纤维植物84种。列入国家重点保护的野生植物有24种，其中国家一级保护区的有南方红豆杉（Taxus wallichiana (Pilg.) Rehd. var. mairei (Lemee et Levl.) Cheng et L. K. Fu）、伯乐树（钟萼木）（Bretschneidera sinensis Hemsl.）及银杏（Ginkgo biloba L.）3种，国家二级重点保护的有粗齿桫椤（Gymnosphaera hancockii）、金毛狗（Cibotium barometz）、福建柏（Fokienia hodginsii）、香榧（Torreya grandis）、鹅掌楸（Liriodendron chinensis）、樟树（Cinnamomum camphora）、天竺桂（Cinnamomum japonicum）、闽楠（Phoebe bournei）、金荞麦（Fagopyrum cymosum）、短萼黄连（Coptis chinensis）、半枫荷（Semiliquidambar cathayensis）、绞股蓝（Gynostemma pentaphyllum）、榉树（Zelkova schneideriana）、伞花木（Eurycorymbus cavaleriei）、野大豆（Glycine soja）、花榈木（Ormosia henryi）、喜树（Camptotheca acuminata）、香果树（Emmenopterys henryi）等21种，有花叶开唇蓝、浙江金线兰、钩距虾脊兰、铁皮石斛、细叶石仙桃等35种兰科植物。此外还有大型真菌12目39科166种，土壤和树体微生物11目17科68种。

动物

保护区动物资源丰富，已查明野生脊椎动物34目100科384种，其中鱼类5目13科49种、两栖类2目7科26种、爬行类3目12科63种、鸟类17目47科197种、兽类8目21科49种。列入国家重点保护的有种，其中国家一级保护的有豹（Panthera pardus）、黄腹角雉（Tragopan caboti）、、白颈长尾雉（Syrmaticus ellioti）、、蟒蛇（Python molurus）、4种，国家二级保护的有猕猴（Macaca mulatta）、穿山甲（Manis pentadactyla）、豺（Cuon alpinus）、黑熊（Selenarctos thibetanus）、小灵猫（Viverricula indica ）、大灵猫（Viverra zibetha）、金猫（Felis termmincki）、鬣羚（Capricornis sumatraensis）、鸳鸯（Aix galerioulata）、游隼（Falco peregrinus）、白鹇（Lophura nycthemera）、蛇雕（Spilornis cheela）、褐翅鸦鹃（Centropus sinensis）、虎纹蛙（Rana tigrina）、花鳗鲡（Anguilla marmorta）等34种。此外，昆虫纲有29目280科2316种，蛛形纲有4目20科96种。

福建君子峰国家级自然保护区自然景观优美，有“绿海云都”之美誉的紫云仙境，是三明市高山生态“后花园”，有龙井瀑布、百丈际五级瀑布和沙溪梓口坊温泉等，境内山峦起伏、飞瀑流泉。保护区人文景观众多，紫云古村聚居着杨时、罗从彦、张载等宋代理学家的后裔；有宋朝宰相文天祥题匾“显盖紫云”；出土的商周古陶片、古桥、古琴、古戏台、石旗杆、演武石及水泉岩石刻，吸引着众多专家学者前往寻秘探幽；有东方军司令部、夏坊玉皇楼苏维埃政府楼等红色旅游景点；有闽西最古最大的聚龙禅寺，唐末的均峰古寺和石佛庵等宗教朝拜景点。

福建君子峰国家级自然保护区管理局配备领导职数为：局长1名（副处级），副局长2名（正科级），纪检组长按1名（正科级），副科级领导8名（办公室主任1名，4个科室科长各1名，3个管理所所长各1名）。

福建君子峰国家级自然保护区管理局副局长：张素艳

福建君子峰国家级自然保护区管理局副局长：黄琰彬

君子峰保护区不仅是研究生物多样性的理想场所，也是开展自然保护、科普教育、培训自然保护人员的理想场所。其特定的地理位置对闽江流域的水土保持、水源涵养和气候调节起着至关重要的作用。保护好君子峰保护区的生物多样性，不仅有利于地方的生态环境保护和经济建设，而且对构建福建省完整的国家级自然保护区网络具有重要意义。