后期埃及王朝的历史可以分为两个阶段。第一阶段是从
第二十一王朝到第二十六王朝（约公元前1085～前525年），此时埃及国势更加衰微，先后被亚述、塞斯征服。但是这一时期埃及的经济发展仍然比较迅速，手工业和商业都得到了较大的发展。公元前525年，埃及被波斯征服，从此便进入后期的第二阶段。这一阶段从第二十七王朝到第三十一王朝（约公元前525～前332年），此时的埃及已沦为波斯帝国的一个行省。
第21王朝时，埃及分裂为两部分，法老统治北部，僧侣王统治南部。第21王朝被利比亚人雇佣兵推翻后，又相继建立了第22、23王朝。第24王朝是三角洲舍易斯地方统治者的政权。努比亚人乘埃及衰落之机入侵，建立了第25王朝（见库施王国）。第21～24王朝是埃及国家分裂、权力分散的衰落时期，又被称为第三中间期。第21～22王朝时期，
商品货币关系和高利贷业开始发展起来，
债务奴隶制流行。第24王朝法老博科里斯制定法律，以限制高利贷盘剥，废除债务奴隶制，但并没有真正实行。
舍易斯地方统治者萨姆提克一世重新统一埃及，建立第26王朝。这个王朝通常被称为埃及的复兴时代。铁器、
金属货币普遍流行，商业和经济生活较为繁荣。尼科二世法老统治时期，开凿尼罗河通向红海的运河，并派遣腓尼基水手开辟航道，绕航非洲。尼科二世及其继承者为争夺埃及在叙利亚、巴勒斯坦的霸权，曾与新巴比伦王国进行战争。
公元前525年，波斯帝国侵占埃及，建立第27王朝。波斯人在埃及的残暴统治和无情劫掠，激起了伊那路斯和阿米尔泰乌斯领导的埃及人起义（前460～前455）。公元前404年，波斯王朝被推翻，埃及获得独立，相继建立了第28～30王朝。公元前343年，波斯帝国再次征服埃及，建立第31 王朝。公元前332年，希腊马其顿王亚历山大大帝侵入埃及，灭波斯王朝，结束了延续3000年之久的法老时代。