同济大学科学技术研究院隶属于同济大学，是负责全校科学技术研究工作的职能部门。

同济大学科学技术研究院主要职责为：科研人才队伍的培养和建设；科研项目的策划组织、培育申报、过程管理；科研成果和知识产权的培育申报、过程管理；产学研合作和科技成果转化；科研基地平台的策划组织、培育申报、过程管理；军工科研的组织和管理；科研政策的研究、建议、制定和实施；相关学术交流活动的管理；为教师提供科研活动过程中的相关服务和支持等。

根据管理职能要求，科研院下设五个办公室：项目办公室、成果办公室、基地办公室、军工办公室和综合办公室。

项目办公室

负责科研项目（纵向、横向和中央高校基本科研业务费项目）的策划组织、培育申报、过程管理，相关政策研究、建议和实施以及其他相关工作。

下设：重大项目科、项目管理中心、人才与国际合作科

成果办公室

负责科研成果、专利（包括知识产权）的组织培育和申报管理，包括论文著作管理、成果登记、成果报奖、专利（包括知识产权）申请和管理等；负责产学研合作的组织、策划与实施，科技成果产业化推广与合作的组织、策划与实施；相关政策研究、建议和实施以及其他相关工作。

下设：成果转化与合作科、成果与知识产权科

基地办公室

负责科技基地平台（国家、省部和行业重点实验室、工程实验室、工程（技术）研究中心等）、2011协同创新中心、上海市一流学科和平台、科普基地的策划组织、培育申报和过程管理，相关政策研究、建议和实施以及其他相关工作。

军工办公室

负责军工科研管理。

综合办公室

负责科学技术研究院的行政事务管理，包括公文流转、文档管理、印章管理、内部人事、工会、行政经费管理、离退休人员管理、勤工助学和助管管理、办公设备管理、与其他办公室的协调、安全保卫工作及会务组织策划、来访接待的总体协调；负责科研政策、内部制度的研究、建议和实施；负责科研信息化；负责国内访问学者、学会协会、期刊、科研业绩、科研统计、文秘工作等；负责嘉定校区办公室管理；协助校学术委员会工作等。