吉林大学南方研究院是吉林大学的直属学院，下设8个研究中心和1个国家重点实验室，分别是东北亚研究中心、边疆考古研究中心、数量经济研究中心、理论法学研究中心、中国国有经济研究中心、哲学基础理论研究中心、政治学理论研究中心、技术经济与管理研究中心和无机合成与制备化学国家重点实验室（珠海分实验室）。南方研究院共有在校博士研究生61名，统考硕士研究生13名，单独考试硕士研究生193名。

吉林大学南方研究院成立于2006年6月17日，吉林大学南方研究院是一所集综合性、开放性、自主性、研究性、公益性工作为核心，以南方经济政策研究为主，国际化的独立性研究和咨询机构，涵盖文、理、工、农、医多学科，属国家事业单位。

其宗旨是为中国的改革开放、经济发展和国内外的经济技术合作提供技术指导和理论服务。它将通过独立的调查研究、严谨的科学研究和学术交流，向政府、企业、社会团体等提供研究报告、咨询服务、技术指导、理论支持、信息服务和产业开发、市场开拓建议等。

吉林大学南方研究院是吉林大学研究生院整体教育事业的一部分，是学校人才培养在珠三角地区的延伸。它将本着在改革中求发展、竞争中求领先的理念，利用珠海特区的地理和政策优势，结合区域经济发展实际，培养适合社会经济发展需要的新型科研人才。