与《
宝可梦 金·银》一样，《宝可梦 心金·魂银》的故事设定于
城都地区和
关都地区。城都地区的设计来源于日本的
关西地方和
东海地方，关都地区则源自日本的
关东地方，这两地的许多寺庙和传统日本建筑都在城都地区有所体现。
满金市类似于
大阪，其
磁悬浮列车直达关都地区的
金黄市，这与新干线连通大阪和
东京相似。此外，缘朱市与
京都市类似，缘朱市内的
烧焦塔和
铃铛塔与
鹿苑寺和
慈照寺相似，鹿苑寺标志性的凤凰雕塑是
凤王的原型。
默默无闻的主角是一名来自
若叶镇的新人宝可梦训练家。游戏伊始，主角需要在
空木博士提供的三只初学者宝可梦
菊草叶、
小锯鳄和
火球鼠中选择一只作为搭档。在应空木博士要求联系一位老人后，主角获得了自己的
宝可梦图鉴，并正式开始了自己的旅程。在旅途中，主角将会邂逅追寻
水君的迷之青年
米那君，之后主角也会多次与水君在城都地区和关都地区的各处相遇。主角的目标是为了成为城都和关都最出色的宝可梦训练家，为此需要培育宝可梦、收集宝可梦图鉴、击败八名城都地区的道馆训练家以收集徽章、挑战地区中最强大的训练家——四天王及冠军。而后，主角在关都地区挑战当地的八位道馆训练家，最终在白雪皑皑的
白银山顶部与对战传说·
赤红进行对战。
火箭队是在关都地区以宝可梦为道具、利用各种手段赚取大量金钱的邪恶组织。他们以“
坂木”为中心，在关都地区策划了多起事件。虽然坂木一度因被称为“
赤红”的少年击败而解散火箭队，但不知为何他们又在城都地区开始活动。
主角最初的伙伴会从
草属性的菊草叶、
火属性的火球鼠和
水属性的小锯鳄这3只宝可梦中选择。其中草属性克制水属性、水属性克制火属性、火属性克制草属性。
《宝可梦 心金·魂银》不仅将《
宝可梦 金·银》应有的东西原汁原味的保留了下来，
Game Freak亦在各处做出了改动，这就构成了一个玩家熟悉却又处处有惊喜的宝可梦世界，不仅老玩家能在游戏里找到往日的感动，没接触《宝可梦》系列的玩家也会喜欢上它。虽然游戏有很多改变之处，但Game Freak很聪明的将它们混在了剧情里以弥补原来的一些缺点，或是直接就放在一些与主线无关的地方，让玩家觉得这次的金心魂灵还就是以前那个金银，当然也更有动力去再把它通上一遍。游戏的另一个优点就是触摸的操作，以前玩家要找半天的东西如今点几下就行了，十分便利。（
电玩巴士 评）
虽然世界各地的宝可梦迷都怀念最初的《宝可梦 金·银》，但《宝可梦 心金·魂银》里的培育机制、时钟系统以及许多粉丝喜爱的宝可梦等重制内容也确实受到了玩家的欢迎。尽管如此，Game Freak还是没能用任何真正有用的创新手段来推动宝可梦游戏系列的发展。（Nintendo Life 评）