脱镁叶绿素是叶绿素在经过加酸或加热或脱镁作用后所变成的，同时其颜色也会改变。在
水污染的地方，当造成
浮游植物细胞破碎死亡时，细胞原本所含的叶绿素也跟着被破坏，转变成脱镁叶绿素。因此脱镁叶绿素的含量比例可以作为水质的指标之一。
在酸性环境中，卟啉环中的镁可被H取代，称为去镁叶绿素，呈褐色，当用铜或锌取代H，其颜色又变为绿色，此种色素稳定，在光下不退色，也不为酸所破坏，浸制植物标本的保存，就是利用此特性。在光合作用中，绝大部分叶绿素的作用是吸收及传递光能，仅极少数叶绿素a分子起转换光能的作用。它们在活体中大概都是与蛋白质结合在一起，存在于类囊体膜上。
脱镁叶绿素蓝光和红光吸收峰分别位于412和670nm波段，412nm波段脱镁叶绿素的比吸收系数远大于叶绿素a；440nm波段，叶绿素a的比吸收系数略大于脱镁叶绿素；670、675nm波段，叶绿素a的比吸收系数约为脱镁叶绿素的3倍。
随脱镁叶绿素占色素总浓度比例的增大，浮游植物吸收曲线上蓝光吸收峰偏离440nm波段，逐渐向412nm波段靠近，并得到蓝光波段吸收峰的高度由脱镁叶绿素浓度决定，而红光波段吸收峰的高度由叶绿素a浓度决定。色素浓度与吸收系数进行乘幂函数拟合分析表明，412、440nm波段吸收系数与脱镁叶绿素浓度拟合相关性高于叶绿素a，而675nm波段相反。