中华人民共和国厦门机场海关简称“厦门机场海关”，是由中华人民共和国在厦门机场口岸设立的进出境监督管理机关，是中华人民共和国厦门海关的隶属海关。

中华人民共和国厦门机场海关承担厦门高崎国际机场各类海关管理工作中共党员。

中华人民共和国厦门机场海关下设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合保障科、运行监控科、法律事务科、口岸监督科、统计科、综合业务科、查验一科、查验二科、物流监管科、值机监控科、旅检一科、旅检二科、旅检三科、网格运行管理科、航维保税科、跨境电商监管科。