能源学院是在能源研究院的基础上发展起来的。能源研究院成立于2007年9月，它以国家能源科技重大需求和海峡西岸经济发展为导向，通过整合、引进、提高，建成中国一流的集人才培养、技术研发和技术转移于一体的新能源基地。
2013年初，能源研究院新设本科专业“
新能源科学与工程”获得
教育部备案批准，2013年5月，厦门大学决定成立能源学院。能源研究院保留名称，作为能源学院的所属研究机构。2013年9月，第一届“新能源科学与工程”新生入学。
截至2022年10月，能源学院拥有一支高水平的师资队伍，包括3位院士、2位国家杰出青年基金获得者、1位国际木材科学院Fellow、1位国家优秀青年基金获得者，另有省部校级各类高层次人才计划入选者33人次。专任教师平均年龄40岁，100%具有博士学位，87%具有海外学术经历，其中教授13人，副教授17人，高级职称占教师总数79%。工程技术人员15人，高级职称5人。
截至2022年10月，学院有先进能源一级交叉学科博士点，核工程与材料、光伏工程、能源化工、能效工程、能源经济二级学科博士点。2012年入选能源科学与工程“双一流”学科群建设；2020年获批能源工程与技术二级交叉学科博士点。
院徽以能源的英文首字母“E”为设计元素，化为一只展翅高飞的鹏鸟，体现了能源助力腾飞的内涵；同时又似一只大手托起“能源”之球，体现了开发新能源及能源高效利用的主题；整体还构成一个人，体现整合人才与资源，呈现出人才腾飞和研院腾飞的精神风采。