厦门大学消化疾病研究所是由厦门大学附属中山医院消化内科、胃肠外科、肝胆外科、血管外科、普通外科等组成，集医、教、研为一体，技术力量雄厚的医疗科研机构，同时为厦门市消化疾病诊治中心。

研究所现有高级职称人员40人，中级职称人员40人，博士生导师2人，硕士生导师20人，进站博士后2人，在培养博士、硕士40人。博士后2人，博士及在读博士22人，硕士24人，平均年龄35岁。消化研究所下设病床350张，年门诊量约18万人次，年住院人数10余人次，年手术量5000余台次，年内镜操作数3万人次。

研究所形成了本科、硕士、博士、博士后一体化的教学体系，为地区消化疾病诊疗培养了大批技术力量。消化研究所一直坚持“科研立所”的方针，先后成立了包括消化病分子实验室、消化病理实验室、胃肠肿瘤研究室、消化内镜研究室、肝癌研究室、消化介入研究室等专业研究团队。近年来，研究所共获得国家、省部级、市级科研立项三十余项、科研基金数百万元，先后在国内外学术期刊上发表论文一百五十余篇，其中为SCI收录二十余篇，为MEDLINE收录三十余篇，国家核心期刊收录百余篇，并先后获得省市科技进步奖四次。

研究所先后与美国克里夫兰临床医学中心、美国哈佛大学麻省总医院、美国匹兹堡大学医学中心、美国加州大学戴维斯分校医学中心、香港大学玛丽医院、北京协和医院等国内外知名消化医疗、科研机构建立协作关系，并且聘任了7位国内外知名学者担任客座教授，指导研究所和中心的学科建设和发展。