厦门大学化学系成立于1922年，是厦门大学最早成立的系所之一。
化学系历来师资力量雄厚，纪育沣、傅鹰、卢嘉锡、蔡镏生、钱人元、陈国珍等中科院前学部委员或知名教授曾执教于此，为化学系特别是物理化学和分析化学学科的发展奠定了坚实的基础，也为化学系树立了优良的学术传统。
化学系是国务院首批批准的学士、硕士和博士学位授予点 (物理化学和分析化学)，人事部首批批准设立的博士后科研流动站。1998年，经国务院学位委员会批准，化学学科获得化学一级学科博士点学位授予权和博士后科研流动站(该流动站2005年荣获全国优秀博士后科研流动站称号)，物理化学和分析化学2个国家重点学科。经过80多年的发展，研究方向覆盖整个化学一级学科。
化学学科主要包括化学化工学院的有关系、所 (化学系、物理化学研究所) 和挂靠在该学科的固体表面物理化学国家重点实验室、现代分析科学教育部重点实验室、化学生物学福建省重点实验室、厦门大学纳米科技中心、厦门大学理论化学研究中心、厦门大学特种先进材料实验室和中国化学会学术刊物《电化学》编辑部等机构。