原生异常主要是指在岩浆作用、变质作用、气成作用及热液作用等内生地质作用过程中形成的
地球化学异常，以区别于表生作用所形成的次生异常。在众多
勘查地球化学文献中，对于沉积岩中的地球化学异常亦称为原生异常。这样原生异常的涵义不仅仅是“内生作用”中形成的异常，而且包括沉积作用所形成的异常，所以，从广义上说，原生异常是指赋存于固化岩石中的地球化学异常。
在各种类型的原生异常中以发育在热液作用形成的金属硫化物矿床四周的异常，研究得较为深入。这类异常是
热液通过
渗滤作用运移形成的，其形态与规模受
围岩中的通道系统发育程度所控制。根据通道系统发育的稀密程度、宽窄和大小，可形成线状、带状、面状和不规则形状的原生异常。由于热液渗滤作用形成的异常往往具有明显的
组分分带现象(尽管不同类型、不同地区
矿床的
渗滤异常各有其特点，但整体上具有规律性和对比性)，因此，这些分带特征在找寻育矿体及判断矿体剥蚀程度方面具有重要意义。