原发性是相对于
继发性和转移性而言的。就是说，某种疾病最先发生于某个组织或者器官，对于该组织或者器官来说，该疾病就是原发的。举一例：原发性
肝细胞癌，就是肝细胞首先出现
癌变，而
继发性肝癌，则是其他部位的
癌症，随血流或者
淋巴途径，转移到肝脏，原发部位在其他组织或者器官，而不是肝脏。
例如，
癫痫的病因尚未完全明了，历来的病因分类都将其分为原发性和
继发性两种。前者是指病因未明的一类，又称
原发性癫痫、
特发性癫痫、
遗传性癫痫、隐原性癫痫或真性癫痫等；而后者病因明显，又称
继发性癫痫或
症状性癫痫。然而，随着科学技术的进步，一些原因未明的癫痫患者的病因必然会被发现。也就是说，被认为是原发性的癫痫当中，必然或多或少地还包含有继发性癫痫在其中，之所以称其为原发性，只是因为还没能找出它的具体原因罢了。