一些蛋白质只含有一条简单的多肽链，而另一些蛋白质成为多亚基蛋白质，含有两条或更多条非共价结合的多肽链。多亚基蛋白质的独立的多肽链可以是同一多肽链，也可以是不同的多肽链。有时，不同的亚基形成小的寡聚体(oligomeric) ，并以此进一步装配。这种小的寡聚体被称为原体(protomers)，原体再装配成更大的聚集体。如
血红蛋白，四条非共价结合的多肽链，两条一致的阿尔法链和两条相同的贝塔链，可以称为四条多肽亚基的四聚体或者阿尔法贝塔原体的二聚体；天冬氨酸
氨甲酰磷酸转移酶由6个调节亚基（R）和6个催化亚基（C）组成，装配时先由1个C亚基和1个R亚基组成一个原体CR ，再由6个原体装配成一个有活性的酶。