现今只有一个确认的始祖鸟物种，就是印石板始祖鸟（A. lithographica），但它的分类历史却极度的混乱。就各个标本就已经有很多不同的名字，大部份都是单纯的拼字错误。原先印石板始祖鸟只是指由汪迈尔所发表的羽毛。于1960年，有建议将此种名由此羽毛官方的转移至伦敦标本。国际动物命名法规曾尝试压制就首先的骨骼标本过多的不同名称，这是由于汪迈尔与其反对者的激烈辩论所致。再者，始祖鸟化石被称为翼龙亦被禁止。
标本之间的关系是一个问题。很多后期的标本被命名为本身的种。柏林标本被称为古鸟（Archaeornis siemensii）；爱希施泰特标本就被称为厦曲侏鸟；慕尼黑标本就被称为巴伐利亚始祖鸟；而索伦霍芬标本就被指为
乌禾尔龙。
有研究指所有的标本都是属于同一物种。但是标本之间亦存在明显的分别。就如慕尼黑、爱希施特、索伦霍芬及瑟马普利斯标本就较伦敦、柏林及哈勒姆标本小或是更大型，有著不同的脚趾比例、更细长的鼻端、向前的牙齿排列及可能存在的胸骨。这些差别就像（或更大）现今不同种鸟类之间的差别。可是这些差别亦可以不同年龄作为解释。
就第一个只的羽毛标本与始祖鸟的飞羽不相同的事其实没有甚么价值。因为根据它的大小及比例，它可能是属于一些未被发现的原始鸟类物种或似鸟的恐龙。由于这个羽毛是原有的模式种，因而引起了一些命名的混乱。
始祖鸟的生活习性已经很难去重组，但仍有几个有关的理论。有些学者认为它主要是在陆地上生活，而其他的认为主要是栖息在树木上。缺小树木并非排除了始祖鸟生活在树上的可能性，有几种现存的鸟类都生活在灌木中。在形态学上就有几个范畴显示始祖鸟的栖息地，包括它的脚的长度、脚掌的延伸度等。一些权威认为它是可以同时在灌木上、陆地上及甚至在湖岸上觅食生存。它很大可能是猎食细小猎物，视乎大小而用颚或爪来捕捉。