中崇祯辛未进士，授南京兵部车驾司主事，迁
员外郎。南京
吏部尚书谢升奉召掌北铨司，奇以新例裁其驲，卒升。僦夫以行微辞让之，南都僚属送升祖道，司奇独不往，升顾重之。
寻除镇江知府，
温体仁欲陷
瞿式耜，阴遣人至苏募无赖子张从儒，诬式耜与
钱谦益结为死友，侵国帑，谤朝廷，危社稷。击登闻鼓，疏达下所司按问。江南巡抚
张国维，檄苏、松、镇三府会讯，司奇力持诬状，国维以上闻。体仁固欲重陷式耜死，调严旨切责司奇坐镌级。己而，与推官雷起剑交恶，国维右起剑，交讼于庭。谢升己拜大学士，当拟旨，知司奇抗直，黜起剑，而司奇降，论送归里。其自镇江归也，囊无十金，情名甲于江表。后唐王擢司奇兵部侍郎佥都御史，协理院事。闽陷，走归里。大兵破辰常，司奇弃家南走崎岖苗瑶间，
马进忠津送之。
永历四年秋至桂林，
瞿式耜奏司奇清节旧臣，间关依主，宜即召用。乃擢通政使，特勅召见，未赴。客寓草庵中，与金堡同居。桂林陷，司奇遂与堡除发为僧。司奇不喜习浮屠法，遂反湖北隐焉。见《永历实录》