机构职责
（一）贯彻党和国家的教育方针、政策，落实国家有关教育的法律法规，拟订全市教育事业改革发展的政策和规划并组织实施。落实立德树人根本任务，发展素质教育。
（二）指导教育系统党的建设工作。按照干部管理权限，承担所属单位领导干部的分析研判与动议、考察、任免等相关工作和日常管理工作，具体指导所属学校领导班子思想政治建设。
（三）指导教育系统宣传思想文化工作。指导学校思想理论建设、宣传舆论阵地建设、校园文化建设和精神文明建设。协调、指导学校做好维护政治稳定工作。指导学校思想政治教育和意识形态管理工作。
（四）指导教育系统统战与群众团体工作。会同市有关部门指导学校统战工作，指导学校做好民主党派、党外知识分子、侨联、台联、民族宗教工作，指导学校工会、共青团、妇联等群众团体开展工作。指导学校做好离退休干部工作。
（五）指导学校安全风险防控体系建设。指导、协调教育系统维护稳定以及学校安全保卫工作，指导协调学校做好重大安全事件处置工作。
（六）负责全市中小学（含幼儿园、中等职业学校，下同）的统筹规划和协调管理，指导其建设和发展，负责全市教育基本信息的统计、分析和发布。
（七）负责本部门教育经费的统筹管理，参与拟订教育经费筹措、教育拨款、教育收费、国有资产、教育基建投资等方面的政策，负责统计全市教育经费投入情况。指导学校后勤管理与改革工作。
（八）指导全市基础教育改革与发展。指导和推进义务教育均衡发展，指导和推进全市普通高中教育、幼儿教育和特殊教育工作。落实国家和省基础教育教学基本要求、教学基本文件和评估标准，促进教育教学改革。
（九）指导全市职业教育改革与发展。落实中等职业教育教学指导文件和教学评估标准，促进教育教学改革。开展职业指导工作。负责社会教育统筹管理工作，推进构建全市终身教育体系。
（十）协助省教育厅和地方政府推进地方高等教育的改革与发展，深化高校管理体制改革，推进高校教育教学改革。
（十一）指导全市学校德育工作、体育卫生与艺术教育、劳动教育工作以及国防教育工作。规划、指导教育科研、教育技术和校外教育等工作。协调、指导教育信息化和产学研结合等工作。
（十二）指导全市教师工作，组织、指导实施教师资格制度，组织、指导教育系统专业技术职务评审聘任和教师培训工作，指导协调全市教育系统人才队伍建设、人事分配制度改革工作。
（十三）指导全市中小学教育管理工作，指导全市中小学招生工作，拟订中等学校招生政策，会同有关部门编制中等学校招生计划。负责教育类考试的管理。指导全市中小学学籍学历管理。负责所属学校和市区高中学籍学历管理。
（十四）指导全市教育督导工作，组织拟订教育督导规章制度，负责对县（市）区政府和有关职能部门履行教育职责情况进行督导评估。组织和指导全市各级各类教育的督导检查和评估验收工作，组织指导全市基础教育发展水平、质量的监测工作。
（十五）负责全市语言文字工作，指导语言文字规范化建设，监督检查语言文字的应用情况，负责普通话推广和普通话水平测试管理工作。
（十六）组织、指导全市教育系统对外交流与合作工作。
（十七）完成市委、市政府交办的其他任务。
（十八）与市人力资源和社会保障局的有关职责分工。高校毕业生就业政策由市人力资源和社会保障局牵头，会同市教育局等部门拟订。高校毕业生离校前的就业指导和服务工作，由市教育局负责。高校毕业生离校后的就业指导和服务工作，由市人力资源和社会保障局负责。
内设机构
（一）办公室（新闻宣传办公室）。负责机关日常运转，承担文电、会务、机要、档案、保密、印章管理、信息、信访、重点工作督办、政务公开等工作；负责机关固定资产管理工作；负责南通教育新闻宣传工作。
（二）市委教育工作领导小组秘书组秘书处。负责处理市委教育工作领导小组秘书组日常事务，协调督促落实领导小组和秘书组决定事项；协调研究推进重大教育改革事项；协调组织有关调查研究工作，提出意见建议，为领导小组和秘书组决策提供参考；负责与领导小组成员及相关单位的日常联系工作。
（三）人事处（教师工作处）。承担机关及所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资等工作；指导、协调全市教育系统人事分配制度改革、工资福利等工作；规划、指导、实施高层次人才选拔培养与中小学骨干教师队伍建设工作；承担全市中小学教师队伍建设统筹管理工作；指导中小学教师师德、师风建设；指导教师教育工作和教师管理工作；规划、指导、协调教师继续教育和中小学校长培训工作；指导全市教师职务评审聘任工作，组织中小学教师高级职称评审工作和中等及以下学校正高级教师三级岗位聘用资格评审工作；协调教育系统人才工作；协调指导全市中小学教师资格认定及定期注册工作；协调全市乡村定向师范生培养、就业工作；按照干部管理权限，做好机关及所属单位干部人事档案管理工作；统筹协调教育系统表彰奖励工作；协调与外省市的教育协作和对口支援工作；承担对口支教相关组织管理工作。
（四）组织宣传处（统战与群工处）。指导全市教育系统党的建设工作；指导所属单位党的组织建设、意识形态管理和党组织换届选举有关工作；指导高校思想政治工作；指导所属单位统战、工会、共青团及社团工作；指导学校做好民主党派、党外知识分子、侨联、台联、民族宗教工作；按照干部管理权限，承担机关及所属单位科级干部的分析研判与动议、考察、任免等相关工作和日常管理工作；指导教育系统干部培训工作。
（五）政策法规处（教育综合改革办公室、行政服务处）。研究教育改革与发展战略并就重大问题进行政策调研；指导教育系统法治建设，开展依法行政、依法治教工作，开展法律法规宣传教育和培训；负责机关规范性文件的合法性审查工作；协调推进全市教育综合改革有关工作；协调教育现代化建设有关工作；负责教育行政审批工作，并限时办结；负责教育系统行政执法监督工作；负责机关行政复议、行政应诉等工作。
（六）发展规划处（财务与资产管理处）。拟订全市教育事业发展规划；协调全市教育的布局结构调整及体制改革工作；参与中外合作办学机构审批和审核工作；指导中小学校园规划、建设工作，承担所属单位基建管理工作；指导、协调教育重点工程；指导全市中小学校舍安全、后勤管理和改革工作；参与拟订教育经费筹措、教育拨款、学生资助、教育收费、国有资产管理等有关政策；指导教育系统财务管理、国有资产管理、教育收费管理等；统筹做好所属单位国有资产、预决算、财务管理和收费管理等；负责全市教育经费投入情况的统计、分析工作；统筹管理国家、省专项拨款和赠援款等；指导、协调全市义务教育经费保障机制改革、家庭经济困难学生资助、市区教职工住房制度改革等工作。
（七）监督与审计处。指导全市教育系统强化全面从严治党、落实党风廉政建设责任、开展行风建设和纠风工作；统一受理、转办和督办反映教育系统党风廉政和行风建设问题的信访投诉；指导全市教育系统内部审计工作；负责所属单位内部审计工作。
（八）教育督导处。负责建立健全全市教育督导规章制度；负责对县（市）区政府和有关职能部门履行教育职责情况进行督导评估；组织、指导对义务教育均衡发展状况进行监测督查；组织开展全市教育现代化建设水平监测；负责组织和指导对中小学教育的督导检查工作；组织、指导全市基础教育发展水平和质量的监测工作；承担市政府教育督导室的日常工作。
（九）基础教育处（德育处）。承担义务教育、普通高中教育、幼儿教育、特殊教育统筹管理工作；指导基础教育阶段学校常规管理；负责基础教育学校素质教育、课程改革、教材建设与选用；指导全市中小学校的德育、劳动教育、家庭教育、民族教育及校外教育工作；指导中小学教学改革、教育科研、教育信息化、图书馆和实验设备配备管理工作；指导全市中小学校的学籍学历管理；负责直属中小学校学籍学历管理；统筹指导中小学招生考试工作；负责全市中等学校招生考试制度改革与实施方案的制定。
（十）市直教育处。督促和指导直属中小学校教育工作；负责拟订和实施直属中小学校教育发展规划和年度招生计划；负责管理、检查和监督直属中小学校的教育和教学工作；负责指导直属中小学校的德育、劳动教育、校外教育和民族教育工作；负责指导和加强直属中小学校德育队伍建设；负责直属中小学校招生考试工作；负责直属中小学校教学改革、教育科研等管理工作。
（十一）职业教育与高等教育处（科学技术与产业处）。承担全市职业教育统筹管理工作；指导全市职业学校专业设置、专业建设、教学改革、教材建设和德育工作；指导全市职业学校师资培训、技能训练、教育信息化建设工作；指导全市中等职业学校招生、学籍学历管理工作；参与全市高等教育发展规划、结构调整和体制改革工作；负责高校毕业生就业指导和服务工作；负责全市成人教育校外教学点管理工作；协调指导高校科学技术工作；指导高校开展协同创新，协调、指导高校参与国家、区域创新体系建设和承担国家、省各类科技计划的实施工作；指导高校科技创新平台的发展建设、产学研合作等工作；协调教育系统知识产权工作。
（十二）校外教育培训监管处（行政执法处）。承担全市面向中小学生（含幼儿园儿童）的校外教育培训管理工作，指导校外教育培训机构党的建设，拟订全市校外教育培训规范管理政策规定。会同有关方面加强对校外教育培训全面监管，拟订校外教育培训机构设置、培训内容、培训时间、人员资质、收费监管等相关制度并监督执行，组织实施校外教育培训综合治理工作。指导各县（市、区）做好校外教育培训机构监督管理工作，及时反映和处理校外教育培训重大问题。承担市“双减”工作领导小组办公室的日常工作；负责教育系统行政执法工作。
（十三）体育卫生艺术教育处。指导全市学校体育、卫生与健康教育、艺术教育和国防教育工作；指导相关教育教学改革和课程建设；组织指导全市学生体育竞赛和艺术交流活动；组织指导全市国防教育、学校体育艺术基地建设及社团管理工作；指导、协调学校食品卫生、医务室药品安全工作；会同有关部门建立学生体质健康监测和学校公共卫生应急处理机制；指导、协调学生军训工作；指导、协调教育系统双拥和征兵工作。
（十四）安全保卫与维护稳定处。指导学校安全风险防控体系建设工作；指导、协调学校安全稳定和平安创建工作；指导、协调学校做好校园伤害事故和重大安全事件处置工作；指导学校开展安全宣传教育和应急预案演练工作；指导、协调学校做好学生人身伤害事故保险工作。
（十五）语言文字与继续教育处（市语言文字工作委员会办公室、对外合作交流处）。拟订全市语言文字工作规划并组织实施；组织实施国家颁布的语言文字各项标准和规范；监督检查语言文字的应用情况；负责普通话推广和普通话水平测试管理工作；承担全市社会教育统筹管理工作；指导农民文化技术教育、职工教育、老年教育、社区教育、扫盲教育和构建终身教育体系工作；指导做好全市初、高中（含职业学校）民办教育机构管理工作；负责全市教育系统对外合作交流、与港澳台地区教育合作交流及汉语国际推广工作；承担全市教育系统因公出国（境）访问、培训、研修团组计划及派出管理工作；指导学校对外籍专家、教师和境外来通留学、进修考察人员的管理服务工作；承担市语言文字工作委员会办公室的日常工作。
市委教育工委的业务工作由办公室（新闻宣传办公室）、组织宣传处（统战与群工处）、安全保卫与维护稳定处承担。
机关党委。负责机关及所属单位的党群工作。
老干部处。负责离退休干部工作。
另按有关规定设立工会、共青团、人民武装组织。
现任领导
朱全中 副局长、局党组副书记，市委教育工委委员，机关党委书记
杨立荣 副局长、局党组成员，市委教育工委委员
张俊 副局长、局党组成员，市委教育工委委员
许新海 副局长、局党组成员，市委教育工委委员
陈斌 副局长、局党组成员，市委教育工委委员
张华 市委教育工委专职副书记，局党组成员
朱圣辉 市政府教育督导室专职副主任
余 晔 市纪委监委派驻市教育局纪检监察组组长，局党组成员，市委教育工委委员
所获荣誉
2020年11月，南通市教育局获得江苏省委、省政府授予““全省抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。
2021年9月，南通市教育局荣获江苏省教育系统先进集体。
2021年10月，南通市教育局被表彰为江苏省脱贫攻坚暨对口帮扶支援合作先进集体。
2022年1月，南通市教育局入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。