南通大学档案馆于2004年9月成立，校直属单位，由一名副校长分管。档案馆由南通大学前身各院校档案馆合并而来，馆址位于南通大学主校区图文信息中心。下设：办公室、编研室、档案室、档案数字化办公室、校史编撰办公室。主要分为南通大学校史馆、张謇教育史馆、捐赠室、荣誉陈列室等。

南通大学是2004年5月经教育部批准，由南通医学院、南通工学院、南通师范学院合并组建而成的省属综合性大学。其前身私立南通大学由私立南通医科大学、私立南通纺织大学和私立南通农科大学于1928年合并组建而成，张孝若为首任校长。由于民国《大学组织法》中尚无纺织学院，私立南通大学于1930年11月改称为南通学院。

南通医学院、南通工学院的前身分别是私立南通大学（南通学院）下属二级学院。由于1952年院系调整私立南通学院下属农、纺、医三科被拆分，并相继外迁，医科小部留于南通成立苏州医学院南通分院，次年又发展更名为南通医学院，纺科于1977年以南京工学院南通分院名义复建，后来发展成为南通工学院，农科暂未复建（截止2015年）。其中南通师范学院是1999年由原南通师范专科学校和南通教育学院合并组建而成。

南通大学档案馆成立于2004年9月，由南通大学前身各院校档案馆合并组建而成，收藏了私立南通大学（南通学院）、公立南通大学各时期的珍贵史料。下设南通大学校史馆、张謇教育史馆、捐赠室、荣誉陈列室等。

档案馆现有专职档案管理人员10名，其中研究生学历5名；正高职称2名、副高职称1名。学校档案实行集中统一管理，有近百名兼职档案员，建立健全了档案管理网络。馆舍面积2600平方米；校史馆展厅约700平方米，其中校史馆490 平方米，张謇教育史馆115 平方米；库房面积约730平方米，安装了755立方米密集架，每个库房都安装了空调及相关设备，设施齐全。

档案馆注重馆藏资源建设，内容丰富，门类齐全，全面记载了南通大学（含原南通师范学院、原私立南通大学农科、医科、纺科）近百年来创立、发展、壮大的历程，涉及南通近现代高等教育、文化医疗、科技产业、对外交流等方面的内容，其中包括张謇手迹、周谦为老师与周总理合影等珍藏。目前，馆内共有5个全宗，含10种档案门类，包括党群、行政、教学工作、科学研究、产品生产与科技开发、基本建设、仪器设备、出版、外事、财会、另设声像、实物等档案。馆藏综合档案41544卷（件），照片档案13737张，声像及电子档案光盘等3650盘（张）。每年平均为校内外单位和个人共提供查档服务800余人次，利用档案1600卷次。

档案馆优化基础设施配置，借助现代先进技术，加快数字化建设进程，全面提升管理效能和服务水平。馆内配有门禁系统，数字化办公室有先进的计算机、复印机、零边距扫描仪、高速扫描仪、激光打印机、数码照相机等设备，2007年馆内引入“南大之星”档案管理软件，2009年开始全面实行了档案现代化管理。

档案馆在不断加强硬件建设的同时，自我加压，着力推进自身建设。全馆人员积极开展学术研究和编研工作，在省级以上刊物公开发表论文52篇，其中在《档案与建设》、《中国档案》、《兰台世界》等核心期刊共发表论文23篇，主持完成了江苏省教育科学 “十一五”规划课题、省高校档案研究会课题以及校级科研课题共9项，先后获得省市各类表彰32人次。每年编写《南通大学年鉴》，同时，积极参与省内相关单位的编史修志工作。在南通大学百年校庆之际，档案馆开始了编纂《南通大学百年校志》。

新起点，新气象，新征程。档案馆全体工作人员将继续秉持“团结务实、开拓创新”的优良传统和工作作风，同心协力，大力推进档案管理的数字化建设，不断提升全馆业务水平和服务质量，最大限度地满足广大师生及社会利用者的各种需求，全力为创建省星级档案馆而不懈努力！