南通市中医院是集医疗、教学、科研、预防为一体的综合性的“三级甲等中医院”。
南通市中医院是“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”、南京中医药大学南通附属医院和南通大学附属南通中医院。先后获得“全国红旗单位”、“全国医药卫生先进集体”、“省文明医院”、“省、市文明单位”、“省抗非先进集体”、“江苏省五一劳动奖状”、“省、市医院管理年活动先进单位”、“南通市服务经济建设最佳单位”、“市十佳医院”、“无红包医院”等称号。
医院连续12年实现跨越式发展，每年以20%左右的速度发展。2005年6月，医院成功地承办了“首届全国著名中医药学家传承高层论坛”，30多位国家级著名中医药学家及近千名代表齐聚盛会共商传承发展中医大计。
国家中医药管理局前局长佘靖、副局长马建中、医政司长许志仁等领导先后到南通市中医院视察，充分肯定了南通市中医院的跨越式发展。
国家级名医工作室2个，外科、脾胃病科为全国重点专科建设单位，其中，外科的蛇伤专科2011年通过国家中医药管理局评审，成为全国重点专病，脾胃病科、骨伤科、妇科为省重点专科，呼吸内科、肾病科为省重点建设专科。市重点专科有11个。
共有一级临床和
医技科室25个，二级临床科室13个，核定床位600张。医院现有职工947人，具有高级职称者140人。有全国名中医4人，省名中医3人，市名中医7人，享受国务院专家特贴6人。朱良春先生为国医大师。全国及省名老中医药专家带徒14人，全国优秀中医研修人才7名，省中医药领军人才1名，省333工程第三层次培养对象4名。