《南藏经》明代木刻版，清初存636函。清末与民国几经战乱，现存541函，5048卷。缺失95函，计为：衣、伐、过、必、徒、使、欲、丝、羔、羊、行、习、恶、壁、寸、事、严、深、夙、斯、如、川、渊、取、安、美、荣、业、登、职、政、而、益、贱、尊、唱、母、伯、叔、怀、同、支、磨、次、脑、匪、神、志、意、持、自、二、背、洛、浮、殿、飞、泻、舍、鼓、瑟、转、通、承、集、蔓、侠、封、千、冠、侈、肥、功、碑、溪、曲、营、捕、弱、假、武、牧、土、吏、黄、月、九、岱、亭、门、赤、城、碣。

541函内，零星缺失39卷，计为：“彼”缺三、七卷，遐缺一卷，育缺一、二、三卷，场缺一卷，及缺六卷，毁缺九卷，能缺二、三卷，非缺一卷，碣缺一、二卷，馨缺一卷，不缺五、六、七、十卷，清缺十、十一、十二卷，笃缺一卷，造缺二卷，义缺一卷，隐缺一卷，退缺一卷，华缺一、七、九卷，筵缺一卷，席缺一卷，相缺一卷，家缺三卷，给缺一卷，茂缺一十卷，超缺一卷，迹缺一卷。