南苏丹总统是南苏丹共和国的国家元首和政府首脑。

2011年7月9日南苏丹独立当日，原苏丹南方自治政府主席萨尔瓦·基尔签署“南苏丹过渡期宪法”，宣誓就任南苏丹共和国首任总统。“过渡期宪法”规定，南苏丹实行总统制，内阁由总统直接主持，不设总理职务。

萨尔瓦·基尔·马亚尔迪特（Salva Kiir Mayardit），1951年生，丁卡族人。20世纪60年代加入南方反政府的“阿尼亚尼亚”运动。1972年和平协议签署后加入政府军。1983年与加朗共同创立苏丹人民解放军（SPLA）。1986年出任SPLA副总参谋长。2005年7月担任南方自治政府副主席。2005年8月出任苏丹民族团结政府第一副总统、南方自治政府主席。2010年4月连任。2011年7月9日南苏丹独立后出任首任总统。

2012年4月23日至28日，基尔总统对中国进行国事访问。

苏丹南方自治政府主席

1、约翰·加朗（John Garang）2005年7月9日—2005年7月30日苏丹人民解放运动

代主席萨尔瓦·基尔·马亚尔迪特（Salva Kiir Mayardit）2005年7月30日—2005年8月11日苏丹人民解放运动

2、萨尔瓦·基尔·马亚尔迪特（Salva Kiir Mayardit）2005年8月11日—2011年7月9日苏丹人民解放运动

南苏丹共和国总统

1、萨尔瓦·基尔·马亚尔迪特（Salva Kiir Mayardit）2011年7月9日—今苏丹人民解放运动