1871年马化龙反清起义失败后，马化龙及其家属全被杀害，清廷将马化龙年仅五六岁的两孙马进成、马进西严加监禁，拟待及年宫刑后发配为奴。1875年马元章从云南潜回张家川寻找马化龙后裔并欲复教期间，马进成被宫刑后殁于汴梁，仅将尸骨盗回埋葬于张家川。马进西在被解往北京宫刑途中，由马元章派人抢回，隐藏于
教民中。后经李得仓疏通马安良，在其保驾慈禧太后到长安之机冒死上书，以“赦一人可安万民，杀一人万民不安”为词，求准
慈禧赦免了马进西。马进西遂在张家川南川设立了道堂，继承马化龙、马进成为教主，从此始有南川门宦。后马进西与马元章失和，马进西重返金积复教，南川道堂先后由其子马腾霓、马腾霞主持。
其基本教义和礼仪仍遵守马明心旨意不逾，只是各立门户，独立传教。至1949年南川门宦主要辖有张家川等地寺坊55处，教众约有3万余人。道统依次为：
马明心、穆宪章、马达天、马以德、
马化龙、马进成、马元章。此后教务主持人相继为马进西、马腾霓。