南山寺，为江苏省南通市通州区寺庙，始建于明，清嘉庆间重修，位于南山湖畔。南山寺以药师佛为尊，以琉璃净土为宗，力倡东方药师佛琉璃净土“褔慧双修”的六度法门，朝唱行持，暮思恒守。

通州南山寺始建于明朝，清嘉庆重修，改革开放后为落实宗教政策于1980年代中期将金沙双皮桥头总庵更名为南山寺对外开放，1992年经通州市民族宗教事务局批准，将人民东路朝阳路口老南山庙作为南山寺下院对外开放，请杭州佛学院毕业生耀来法师主持日常管理工作。原址位于通州城区市中心人民剧场东侧。

1994年经通州市政府批准选址通州市开发区盆架桥村易地南迁，2006年3月易地扩建，位于南山湖畔。

通州南山寺一期规划用地48.5亩，控制用地100亩。整体建筑按照明清风格设计，分三条轴线，中轴线上设计建造牌坊、天王殿、放生池、大雄宝殿和万佛殿。东轴线设计建造多宝财神殿、通州塔、观音殿、药师殿和方丈楼。

西轴线设计建造帝释殿、地藏殿、极乐水院、极乐楼和藏经楼。已经建好的有天王殿、放生池、大雄宝殿、观音殿、钟楼、鼓楼、法物流通处和厢房两幢。正在建设的有帝释殿，多宝财神殿和通州塔，准备开工建设的有牌坊、极乐楼、药师殿等。

南山寺按丛林式寺院设计，规模为江海平原之冠，在蓝天白云映衬下，金碧辉煌熠熠发光。主体建筑沿中、东、西轴线布局，中轴线上依次为天王殿、放生池、大雄宝殿，东轴线上依次为钟楼、通州塔、观音殿、药师殿；西轴线上依次为地藏殿、翠微楼等建筑。寺院建筑基本保持着明代风格，主殿即大雄宝殿巍峨，配殿环绕，庑殿歇山式屋顶，明丽的琉璃瓦脊、古朴的彩画装饰，显示出南山寺的庄严宏伟。

明代文学家沈璟在南直隶通州南山寺游历时曾有散作一首，诗云：

“南山新雨后，海侧青崖舟。

燎烟结古寺，石塔鸣钟楼。

浪回金沙岸，潮起馥雪鸥。

月阑日光屿，总是琉璃洲。”

南山寺以药师佛为尊，以琉璃净土为宗，力倡东方药师佛琉璃净土“褔慧双修”的六度法门，朝唱行持，暮思恒守。中国佛教协会会长传印法师欣然题词“药师佛道场，咫尺东天，东方琉璃世界”，并要求南山寺重点打造药师佛道场，坚持人间佛教思想，弘扬药师佛文化，利益群生。