建校初期，学校收生人数100人。由于位于哥罗门街（Coleman Street）的校舍太小，不足需求，1921年南华搬迁至明古连街(Bencoolen Street) 。 1924年，因经费不足，南华暂时关闭，在公众的支持下，南华才重新运作。 1928年，南华开办了师范课程。南华随即在1941年设立位于亚迪斯（Adis Road）路的主校，开办师范课程及一些小学课程，明古连街分校则指开办小学课程。二战期间，南华关闭，日军用南华主校为总部。新加坡光复后，南华筹款重建校舍，并开办高中课程。1956年，南华改称“南华女子中学”，1964年停收小学学生。分校则为现今
南华小学。新加坡独立后，由于新加坡的人口中心转至郊区，位于市区的南华收生逐年减少，故南华校董部1983年搬到金文泰新镇。翌年南华招收男生，并改名为“南华中学”。由于校董部无法缴付搬迁的费用，1986年4月1日，南华校董部把学校管理交给新加坡政府，从政府资助学校改制为政府中学。 1999年，华文教育改革委员会建议南华成为特选学校。在教育部的批准下，南华于2000年起成为特选中学。 2004年，南华再一次搬迁至现有的
金文泰一道41号的校舍，隔年由
新加坡总理李显龙正式开幕。2006年，南华改制成为自治中学。