南区（日语：南区／みなみく Minami ku ）是熊本市于2012年4月升格为政令指定都市时新设的一个行政区。区役所设于原本的富合综合支所（旧富合町役场）。

位于熊本市南部，相当于以前的川尻町・日吉村・力合村（1940年和熊本市合并）、田迎村、御幸村（同1953年）、饱田町、天明町（同1991年）、富合町（同2008年）、城南町（同2010年）9町村。除了西区、中央区、东区之外，还和嘉岛町、御船町、甲佐町、宇城市、宇土市相邻，隔海和（有明海）和长崎县岛原市相望。绿川和其支流加势川流经南区。