特殊教育学院是南京特殊教育师范学院的重点院系之一，设有特殊教育、小学教育和手语翻译3个专业，共6个专业方向。主要为全国特殊教育学校、普通学校特殊班和随班就读班以及残联、康复中心等机构培养教师和相关专业人才。

我院前身为南京特殊教育师范学校的盲教育、聋教育、弱智教育三个专业组。作为新中国第一所特殊教育师范学校，特殊教育学院在特殊教育师范学科、专业、学制、课程建设等方面进行了开创性的探索。我院于1985年设立四年制中师，1997年设五年制大专，2003年设三年制专科（高中后），2015年设四年制本科；自1982年建校以来，我院先后承担了由教育部、教育厅组织的中等、高等特师60多门专业课程教学大纲和教材的编写任务，完成了国家、省部级科研课题30多项，省级精品课程2项，获江苏省高校优秀教学成果、一等奖、二等奖4项奖项。填补了国内特殊师范教育领域诸多空白，为我国特殊教育事业的发展做出了突出的贡献。

三十多年来，我院已为全国各地（除去港澳台地区和西藏外）培养特教师资6632人，培训特殊教育干部、教师、手语翻译员及其他专业技术人员7000余人。据不完全统计，全国1700多所特殊教育学校中大部分教学骨干、校长为本专业毕业生。他们中涌现出一批全国特教先进个人，校友葛华钦、曹艳、李伟儿受到胡锦涛等党和国家领导人的亲切接见，并被中央电视台及多家新闻媒体报道，在全国引起很大反响。

我院特殊教育专业是国家级重点专业，省品牌专业、特色专业，小学教育和手语翻译专业是省重点专业，我院现有省级（实践）实训基地两个。2014年获国家卓越特殊教育教师培养项目。我院在特殊教育方面已成为我国方向最多、规模最大、毕业生最多、历史最久、实验室设备最多、社会影响最大的学院。其中视障教育、学障教育和随班就读3个专业（方向）为全国独有；手语翻译专业也是国际上特殊教育发达国家刚刚兴起的专业。