南京市红十字会是中国红十字会的一个地方组织，是全市性的从事人道主义工作的社会救助团体。
南京市红十字会成立于1913年7月22日，先后经历了旧中国和社会主义新中国两个历史时期，迄今已90周年。在灾难深重、战争频起的旧中国，南京市红十字会为灾民募捐和救治伤病员尽心尽力，做了大量艰辛、卓著的工作。新中国成立后，南京市红十字会遵照会章，大力宣传红十字会的性质与任务，努力实践红十字会的宗旨；同时，积极协助政府动员和组织广大人民群众开展群众性的卫生救护活动，普及卫生救护常识，培训红十字卫生员，建立红十字卫生站。后因“
文化大革命”，南京市红十字会被迫停顿工作12年。1978年恢复工作后，南京红十字事业进入了持续、快速的发展时期，区、县红十字会及基层组织迅速恢复和建立。作为市政府人道领域的工作助手，全市各级红十字会开展了备灾救灾、群众性卫生救护、社会救助、社区服务、红十字青少年活动、遗体（器官、造血干细胞）捐献、无偿献血宣传、台事服务和国际查人、转信、寻亲等工作。仅近10余年，南京市红十字会就接收、分发境内外援助的救灾（助）款物近2千万元；慰问、救济灾民、贫困户、贫困学生、伤残、孤老（小）数十万人次；为公安、消防、宾馆、供电、机动车驾驶员、工矿企业等行业群众培训和普及初级救护知识数十万人次；承担全市性集会、游园、体育比赛等活动的现场救护工作数十次；为海峡两岸同胞查人、转信、寻亲万余人次；宣传、动员数十万人参加无偿献血、近万人报名登记捐献遗体（器官、
造血干细胞）；等等。
南京市红十字会现有区 ( 县 ) 级红十字会 13 个、基层红十字会组织 600 余个、会员 8 万余人 ; 有 31 个公路沿线红十字救护点和 27 个红十字冠名单位 ; 有 434 个社区红十字志愿工作者活动站；有红十字新闻工作者志愿服务委员会、捐献遗体志愿者之友、癌友康复协会、肾病患者之友、应急与灾难应变志愿服务队等志愿服务群体。为了扩大影响和增强救助能力，南京市红十字会还成立了 “ 红十字备灾救助基金 ” “ 红十字旺旺博爱医疗基金 ” 和 “ 江苏三胞集团红十字事业生存与发展研究基金 ”，在全市宾馆、机场、银行、超市等地放置了 105 个募捐箱。
2004年8月5日，南京市红十字会理顺管理体制，机构规格为市副局级。由刘霞任党组书记、专职副会长，调整后总编制数为行政编制 10 名、
行政附属编制 2 名。