南京市生态环境局，是南京市机构改革新组建的单位，为南京市人民政府工作部门。
主要职责
(一)组织落实生态环境基本制度。贯彻执行国家、省、市生态环境的方针政策和法律法规。会同有关部门拟订全市生态环境政策、规划并组织实施，起草生态环境地方性法规和规章草案。会同有关部门编制并监督实施重点区域、流域、饮用水水源地生态环境规划和水功能区划，组织制定全市各类地方生态环境标准和技术规范。
(二)负责重大生态环境问题的统筹协调和监督管理。牵头协调全市范围内环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导协调各区(园区)政府(管委会)对突发生态环境事件的应急、预警工作，牵头指导实施生态环境损害赔偿制度，协调解决有关跨区域环境污染纠纷，统筹协调全市重点区域、流域生态环境保护工作。
(三)负责监督指导国家和省、市减排目标的落实。组织实施各类污染物排放总量控制、排污许可证制度并监督管理，确定大气、水等纳污能力，提出实施总量控制的污染物名称和控制指标，监督检查各区(园区)污染物减排任务完成情况，实施生态环境保护目标责任制。
(四)负责提出生态环境领域固定资产投资规模和方向、市财政性资金安排的意见，按规定权限核准全市规划内和年度计划规模内固定资产投资项目，配合有关部门做好组织实施和监督工作。参与指导推动循环经济和生态环保产业发展。
(五)负责环境污染防治的监督管理。制定大气、水、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治管理制度并监督实施。指导协调和监督农村生态环境保护，会同有关部门监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，组织指导城乡环境综合整治工作，监督指导农业面源污染治理工作。监督指导区域大气环境保护工作，组织实施区域大气污染联防联控协作机制。
(六)指导协调和监督生态保护修复工作。组织编制生态保护规划，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。组织制定各类自然保护地生态环境监督管理制度并监督执法。监督野生动植物保护、湿地生态环境保护等工作。监督生物技术环境安全，牵头生物物种(含遗传资源)工作，组织协调生物多样性保护工作，参与生态保护补偿工作。
(七)负责核与辐射安全的监督管理。对核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实施统一监督管理，会同有关部门负责放射性物质运输的监督管理，参与核事故应急处置，负责辐射环境事故应急处理工作，负责废旧放射源和放射性废物的管理，组织辐射环境监测。配合上级生态环境部门对市内核设施安全、核材料管制和民用核安全设备实施监督管理。
(八)负责生态环境准入的监督管理。按国家和省、市规定组织审查重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划的环境影响评价文件，审批或审查重大开发建设区域、规划、项目环境影响评价文件。拟订并组织实施生态环境准入清单。
(九)负责生态环境监测工作。组织实施生态环境监测制度、规范和标准，建立生态环境监测质量管理制度并组织实施。会同有关部门统一规划全市生态环境质量监测站点设置，组织实施执法监测、污染源监督性监测、温室气体减排监测、应急监测，按要求做好生态环境质量监测相关工作。
(十)统一负责全市生态环境监督执法。承担全市生态环境保护综合执法工作，组织开展全市生态环境保护执法检查活动，查处重大生态环境违法问题。
(十一)负责生态环境信息化工作。建设和管理生态环境信息网。建立和实行生态环境质量公告制度，统一发布全市生态环境综合性报告和重大生态环境信息。
(十二)组织指导和协调生态环境宣传教育工作。制定并组织实施生态环境保护宣传教育纲要，推动社会组织和公众参与生态环境保护。开展生态环境科技工作，组织生态环境重大科学研究和技术工程示范，推动生态环境技术管理体系建设。参与推进全市生态文明建设相关工作。
(十三)开展应对气候变化和生态环境对外合作交流工作。组织实施中央、省、市应对气候变化及温室气体减排的战略、规划和政策。归口管理全市生态环境国际合作和利用外资项目，组织协调市内有关生态环境国际条约的履约工作。
(十四)完成市委、市政府交办的其他任务。
(十五)职能转变。统一行使生态和城乡各类污染排放监督管理与行政执法职责，切实履行监管责任，全面落实大气、水、土壤污染防治行动计划，大幅减少进口固体废物种类和数量直至全面禁止洋垃圾入境。构建政府为主导、企业为主体、社会组织和公众共同参与的生态环境治理体系，实行最严格的生态环境保护制度，严守生态保护红线和环境质量底线，坚决打好污染防治攻坚战，保障全市生态安全。
(十六)有关职责分工
1.与市规划资源局有关职责的分工。市生态环境局承担生态保护红线的相关监管工作。市规划资源局负责生态红线的划定和调整管理，明确各级生态红线规划管理要求。
2.与市水务局有关职责的分工。市生态环境局负责编制水功能区划、排污口设置管理。市水务局负责参与编制水功能区划和入河排污口设置管理工作，指导市政雨水排口运行维护管理，负责指导城镇排放生活污水户向公共生活污水管网排放许可，负责城镇生活污水收集、处理系统规划、建设、监管工作。
直属单位
南京市生态环境综合行政执法局
市生态环境综合行政执法局以市生态环境局的名义，依法统一行使污染防治、生态保护、核与辐射安全的行政处罚权以及与行政处罚相关的行政检查、行政强制权等执法职能。主要职责是:(一)根据生态环境保护法律法规、规章和其他规范性文件及全市生态环境重点任务，组织实施全市生态环境保护执法工作。(二)负责组织实施大气、水、土壤、固废、噪声、机动车等污染防治的监督检查，负责组织实施建设项目“事中、事后” 的监督检查。(三)负责组织实施全市自然保护区、生态示范区、集中式 饮用水水源地保护区等自然生态环境保护情况的监督检查。(四)负责组织实施全市核技术、射线装置利用等电离辐射单位的监督检查。 (五)负责组织实施全市环境执法监测工作。(六)负责组织实施全市各类生态环境保护专项执法行动。(七)负责组织实施全市生态环境保护行政处罚工作。配合主管部门实施行政强制措施，开展行政处罚复议和应诉、行政执法和刑事司法衔接等工作。 (八)负责跨区域、跨流域和重大环境问题的调查处理及生态环境违法行为的查处。参与突发性环境污染事故的现场应急处置。 (九)完成市委、市政府和市生态环境局交办的其他任务。
南京市生态环境监测监控中心
市生态环境监测监控中心为市生态环境局所属全额拨款事业单位，公益一类，相当于正处级。主要职责是：（一）负责组织实施全市大气、水体、土壤、生物、噪声、振动、辐射等生态环境质量监测网络建设和运行管理。负责组织实施全市固定污染源自动监控系统及监控中心的建设和运行管理。配合市生态环境局编制全市生态环境监测监控体系与能力现代化建设规划；参与制定全市生态环境监测监控发展规划、计划、方案等；负责开展市级环境监测监控能力建设，对分支机构做好业务指导。（二）配合编制全市生态环境监测年度工作计划并组织实施；负责全市生态环境监测监控数据综合管理和分析，编制各类生态环境监测监控报告及环境质量报告书；配合市生态环境局完成年度和半年度环境状况公报；负责市级生态环境质量和重点排污单位监测信息公开工作。（三）负责对分支机构的监测质量管理和技术指导；参与对社会化环境检测机构、生态环境自动监测监控设施运维单位的监测质量管理；配合开展排污单位自行监测方案的技术审核和自行监测质量检查。（四）承担市域范围市级重点环境执法监测、污染源监督监测；承担污染源监督监测质量抽测及市生态环境局等部门下达的执法抽测、交叉检查等专项工作。（五）负责组织地方事权的生态环境监测监控数据的传输、审核、报送工作，负责环境监测监控信息的分析研判和预警；参与跨区的生态环境质量专项调查监测。（六）组织实施市级辐射环境质量监测和相关辐射污染源执法监测。（七）负责全市较大及以上和跨区生态环境突发事件应急监测；参与重点环境信访件、环境污染刑事案件、环境污染仲裁等监测工作。（八）承担环境监测相关科研工作，参与各类环境保护专项课题研究。（九）完成上级交办的其他任务。
南京市生态环境保护科学研究院（南京市生态环境保护技术评估中心、南京市排污权交易中心）
承担政府部门下达的城市环境整治规划、管理、区域开发环境保护规划;承担政府政策性环境影响评价;承担政府部门环境管理和环境决策研究任务;承担政府部门下达的各类纵向课题研究;承担建设单位委托的新建、技改、扩建项目的环境影响评价及区域环境影响评价;承担可持续发展，绿色GDP，循环经济、清洁生产审计等课题研究，为政府提供国内外先进的环境管理经验。依据国家生态环境保护的政策、法规和规划，承担区域生态承载力研究;开展自然生态、生态风险、生态毒性环境与生态承载力研究;开展自然生态、生态风险、生态毒性、环境与健康、环境生物技术开发研究等;承担上级有关部门下达的生态环境保护规划;为区县开展生态示范区建设提供技术指导。负责国内外相关科技发展动态与信息的收集、发布、交流工作;为政府环境管理部门提供世界环境建设前沿的最新动态和最新成果，为政府的环境管理和环境决策提供新思路、新理念。开展固体废弃物处置的专题研究，包括收集了解国内外固废处理手段、方法，探索新的固废处理技术的多种有效途径。开展废水治理技术实验研究，为全市废水处理工程招标提供小试服务，为企业废水处理提供实验服务，为相关大学提供实习服务。
南京市生态环境保护宣传教育中心（南京市生态环境科技馆、南京市生态环境信息服务中心）
积极开展生态环境保护宣传教育，普及生态环境科学知识，提高公众生态环境意识，引导公众参与生态环境保护，为生态环境保护工作营造良好的舆论氛围。承担信息化建设任务，为全市生态环境系统提供信息服务保障和技术支撑。主要任务：建立和完善生态环保宣传教育及公众参与机制，策划、组织生态环保公益活动，指导环保民间组织和志愿者参与生态环保公益活动，指导、推动社会及大中小学、幼儿园的生态文明教育活动。通过政务新媒体和新闻媒介，发布、传播关于生态环境保护的理念、信息、知识等，增强对公众的舆论引导，发挥政府与公众交流、沟通的桥梁和纽带作用，策划、制作生态环保类文化产品。保障全市生态环境核心网络和基础设施运行，组织生态环境信息化项目统筹整合和信息资源的数据归集、治理、共享，协助做好网络安全责任制相关网络安全技术支撑。
现任领导
周宁晖：党组成员、副局长，兼任市深入打好污染防治攻坚战指挥部办公室专职副主任
获得荣誉
2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。
办公地址
江苏省南京市江东中路259号新城大厦E座