南京市人民政府办公厅，是南京市人民政府的工作机构，由市政府研究室与其合署办公。
主要职责
根据《中共江苏省委、
江苏省人民政府关于印发〈南京市机构改革方案〉的通知》（苏委[2001]143号）和《中共南京市委、
南京市人民政府关于南京市市级党政机关机构改革的实施意见》（宁委发[2001]35号）的规定，保留市政府办公厅，为市政府工作机构，市政府研究室与其合署办公。
一、主要职责
（一）负责市政府会议的准备工作，协助市政府领导同志组织会议决定事项的实施。
（二）协助市政府领导同志审核或组织起草以市政府、市政府办公厅名义发布的文件、
电报；
（三）办理党中央、国务院、省委、省政府及有关部门和城市发送市政府的文件、电报；研究市政府各部门和各区县人民政府向市政府请示的问题，提出审核处理意见，报市政府领导同志审批。
（四）根据市政府领导同志的要求，协调市政府有关部门的工作。
（五）协助市政府领导同志组织处理需由市政府直接处理的突发事件和重大事故。
（六）督促、检查市政府各部门和各区县人民政府对国务院、省政府和市政府文件、指示及市政府会议决定事项、市政府领导同志重要批示的贯彻执行情况，并向市政府领导同志报告。
（七）负责全国人大、全国政协、省人大、省政协和市人大、市政协的有关建议、提案的办理工作。
（八）负责向省政府办公厅报送重要政务信息；搜集整理信息，准确及时地向市政府领导同志反映情况，提出建议。
（九）围绕全市中心工作，组织调查研究，及时反映情况，提出建议；参与全市经济和社会发展战略、中长期计划、重大政策措施的研究和论证。
（十）联系和组织市经济社会发展咨询委员会及其他方面的专家学者，围绕市领导的决策需要，开展咨询论证和软科学研究。
（十一）负责市政府值班工作，及时向市政府领导报告重要情况，协助处理各部门和各区县向市政府反映的重要问题。
（十二）指导全市政府系统政务信息化建设工作。
（十三）统一刻制颁发各区人民政府及市人民政府各委、办、局及直属单位印章。
（十四）做好办公厅行政事务、安全保卫和机关人事、思想政治工作；为市政府领导服务。
（十五）归口管理市政府法制办；联系市政府参事室；管理市政府各驻外办事处和市无线电管理委员会办公室。
（十六）办理市政府领导交办的其他事项。
二、内设机构
根据上述职责，市政府办公厅内设17个职能处（室）。
（一）总值班室（挂“接待处”牌子）
负责市政府值班工作；协助领导处理来访和处置突发事件；协助安排市政府领导同志的重要活动，大型会议的会务工作；负责国家及有关部门、省（
自治区、
直辖市）领导及各地政府和政府办公厅（室）负责人的接待工作。
（二）机要秘书处
负责公文处理、文件印发和交换、机要通讯工作；管理市政府及办公厅印鉴，负责各区政府、市政府各部门印鉴的制发；负责办公厅档案、保密工作；具体承办有关因公出国（境）批件办理文件；负责联系人事、外事等方面的工作，办理文电。
（三）市长秘书处
负责市政府常务会议、市长办公会议的记录、会议纪要的整理和有关会务工作；负责落实市领导的日常活动安排和服务工作；负责市长文电的传递管理、领导批件和有关信函的处理工作。
（四）综合信息处
负责起草市政府主要领导同志部分文稿，市政府召开的全市性、综合性会议和市政府重大工作部署贯彻落实情况的报告；负责起草向省政府的工作汇报；负责政务新闻协调；负责政务信息工作，指导全市政府系统政务信息化建设；负责政务公开联系工作。
（五）督查处
负责市政府主要文件、重要会议决定事项贯彻落实情况的检查督促工作；办理上级领导机关交办的督查事项和市政府领导同志的批示；负责全国、省及市人大、政协交市政府的建议、提案的办理工作。
（六）计划财经处
负责联系发展计划、财政、税务、金融、保险、证券、物价、审计、体改、统计等方面的工作，办理文电。
（七）工业交通处
负责联系工业、交通、电信、邮政、电力、铁路、港口、劳动和社会保障、无线电管理、质量技术监督、药品监督管理、安全生产等方面的工作，办理文电。
（八）农村工作处
负责联系郊县、农村经济、农林、水利、
防汛抗旱、农村土地管理、绿化、气象、乡镇企业、小城镇建设、农垦、农业资源开发、民政、残联、
双拥等方面的工作，办理文电。
（九）商贸旅游处
负责联系商业、粮食、供销、物资、工商管理、盐务管理、烟草专卖、经济协作、旅游、第三产业发展等方面的工作，办理文电。
（十）城建管理处
负责联系城乡规划、城市建设与管理、市政公用、建筑工程、环保、市容、园林、人防、房产与住房制度改革、市区土地管理等方面的工作，办理电文。
（十一）外经科技处
负责联系外经贸、对台、侨务、开发区、科技、公安、安全、司法、监察、保密、社区建设、区街经济等方面的工作，办理电文。
（十二）教育文卫处
负责联系教育、文化、文物、卫生、
计划生育、
民族宗教、体育、广播电视、新闻出版、档案、地方志、政府法制、精神文建设等方面的工作，办理文电。
（十三）政策研究处
负责决策、政策的研究，参与市政府领导同志重要文稿的起草工作；承担全市科技、对外开放、城市规划建设与管理、区域经济与流域经济的调查研究工作。
（十四）经济研究处
负责反馈政府决策、改革发展、重大举措和重大项目的实施情况以及各方面的反映，并提出调整意见和建议；承担工业、农业和农村经济、城区经济的调查研究工作。
（十五）发展研究处
负责宏观发展战略的研究和咨询服务工作；联系南京市经济社会发展咨询委员会的工作；承担社会事业发展、财税金融、商贸流通、非公有制经济的调查研究工作。
（十六）人事处
负责厅（室）机关及办公厅管理单位的机构编制、人事管理工作；办理厅（室）机关人员出国（境）政审。
（十七）行政处
负责市政府领导同志的有关服务事务；负责办公厅的财务、固定资产、安全保卫、车辆和办公楼管理等行政后勤工作。
机关党委。负责厅（室）机关及办公厅管理的部分单位党群工作。
设立老干部处。
另按有关文件规定设置纪检监察机构。
市政府正副市长、正副秘书长和按规定行政关系仍在市政府办公厅的领导同志的行政编制单列，其编制数额随人数增减相应变动。
市政府办公厅（研究室）行政编制118名。另核行政附属编制15名，其中：老干部服务人员编制4名，后勤服务人员编制11名。
领导职数为：市政府办公厅（研究室）主任2名，副主任、纪检组长5名；正副处长52名，其中：正处长20名（含
监察室主任1名、机关党委专职副书记1名），副处长32名。
四、其他事项
（一）市政府参事室是市政府所属的工作部门，是具有统战性、咨询性的机构，正局级，其主要职责是参政议政，在政府工作中发挥咨询作用。内设秘书处。行政编制10名，行政附属编制2名。领导职数为：参事室主任1名、副主任1名，处长1名、副处长2名。
（二）市政府驻外办事处设置5个。驻外办事处是代表市政府在驻地的办事机构，其主要职责是负责与驻地沟通、联络；开展政务以及经济、科技等信息交流和横向经济技术协作工作，为
招商引资牵线搭桥；协助组织联络我市到驻地举办各种经济、文化活动；为市领导到驻地提供接待服务，为市机关、区县和企事业单位到驻地开展公务活动提供服务。驻北京办事处为正局级，内设秘书处、综合处、经济处、接待处。驻上海、深圳、厦门办事处为副局级。上海、深圳办事处，内设秘书处、综合处、经济处；厦门办事处，内设秘书处、经济处。驻广州办事处为正处级，内设秘书科、经济科。市政府驻外办事处人员编制总数为113名，其中专项编制44名，事业编制69名（全额拨款16名、自收自支53名）。领导职数为：正局级1名，副局级4名，处级17名。
（三）市无线电管理委员会办公室是市无线电管理委员会的办事机构，负责我市无线电日常管理工作，正处级建制。行政编制7名，行政附属编制1名。领导职数为：主任1名（兼），副主任（正处级）2名。其主要职责是贯彻执行国家有关无线电管理的方针、政策、法规，拟定本市无线电管理方面的政策和无线电频率区域内的规划及无线电通信建设发展规划；协调处理我市无线电管理方面的事宜；审批无线电台（站）的建设布局和台（站）场址、指配无线电台（站）的频率和呼号，核发电台执照；负责全市无线电监测工作；指导各区县及部门、单位无线电管理的业务工作。
（四）原办公厅编辑资料处更名为《南京经济》编辑部，为
正处级事业单位，核定全额拨款事业编制5名，参照国家公务员制度进行管理。
现任领导
所获荣誉
2021年6月，南京市人民政府办公厅机关党委被南京市委授予“南京市先进基层党组织”称号。