南京大学美术研究院前身是成立于1998年的
南京大学雕塑艺术研究所，是在中国高等教育改革大好时期，综合性大学实施艺术教育的前提下产生的。所建立之始即立足于对东西方文化的全面观照，确立了史论研究、雕塑研究与创作、环境与宗教艺术研究的科研方向，在校党委和行政的直接领导和所长吴为山教授的努力下雕塑艺术研究所迅速成为一个集雕塑理论和创作、艺术教育、文化交流等为一体的，在国际国内声名鹊起的创作与研究机构。
2003年南京大学决成立美术研究院，由
中国美术家协会主席靳尚谊教授担任名誉院长，吴为山教授担任院长。院设有雕塑、油画、中国画、装饰设计、
美术史论、环境艺术等八个专业方向的教研室，主要从事美术学高层次的学术研究与艺术创作、教学工作。院主要工作目标是对国际国内美术的重大课题进行研究，对民族美术的发展方向进行探讨，对加强本民族文化的国际地位进行有益地尝试，并在对外交流中获得本学科领域的国内领先地位及国际影响，在教学上培养高层次的学者型艺术家。
1999年始研究所与哲学系共同招收宗教艺术创作与研究方向硕士生，2003年美术研究院成立并设有美术学硕士点，2005年成为国家首批艺术硕士培养的试点单位。该院研究生在就读期间获得国家性重要奖项8项，入选全国性展览40项并举办大型个展、群体展。参加国家重大历史题材美术创作工程，发表论文、艺术作品数千余篇（幅）。
美术研究院本着培养学者型艺术家的教育目标，注重艺术人才的人文教育。开设《美院论坛》、《大师论坛》，每年邀请国内外人文学者在该院举办讲学和讲座活动。法国巴黎东方语文文化学院熊秉明先生、英国皇家肖像雕塑家协会主席安东尼·司顿斯先生、日本雕塑家小杉三朗先生、韩国梨花大学金凤九教授等学者、艺术家在此教学、创作并保留作品。并先后有荷兰、英国、美国、韩国、法国、日本等国，以及国内著名艺术家、学者来院讲学、授课，同时举办高层次讲座、展览活动。
该院成立以来，科研创作成果在国内外取得重要影响。由
人民美术出版社、
中国社会科学出版社、三联书店等出版有专著、画册计80余种。主办学术期刊《中国佛教艺术》。学术刊物《中国艺术教育》理事单位。2003年主办“第一届中国雕塑论坛”。2005年7月，主办“纪念世界反法西斯战争胜利、中国抗日战争胜利60周年暨联合国成立60周年——和平·繁荣雕塑巡回展南京展”2005年8月主办“第一届江苏城市雕塑研讨会”。在CSSCI核心期刊《民族艺术》上主办“二十一世纪画廊”。出席、参加国际性学术会议近百次。主持省部级以上项目十余项。在国内外重要展览馆举办个展20多次。参加国内外重要展览获得重要奖项50个。
院长吴为山教授现为全国政协委员、韩国仁济大学名誉博士、英国皇家雕塑家协会成员（FRBS）、英国肖像雕塑家协会会员、全国城市雕塑建设指导委员会主任、香港科技大学文化讲座教授。曾获“香港科技大学包玉刚杰出艺术家”、“香港中文大学龚雪因杰出学人”荣衔。2006年被评为首届南京十大文化名人。在雕塑上吴为山教授力主融渗中国传统艺术的写意精神，在美术理论方面首次提出“
写意雕塑论”和“中国传统雕塑的八大风格论”，并创中国写意雕塑之风，成为当代中国雕塑艺术领域的领军人物，并被国家文化部聘为中国雕塑院院长。由
人民美术出版社、
中国社会科学出版社出版有理论专著《视觉艺术心理》，《雕琢者说》及画册十五种。其中《雕塑的诗性》被新加坡世界科技出版社译成英文出版、《雕琢者说》被韩国首尔出版社译成韩文出版。吴为山教授先后在美国、英国、日本、韩国等地举办过个人雕塑绘画展，并获英国皇家“攀格林”奖、第三届中国城市雕塑建设成就展最高奖等多个重要奖项。中央电视台《东方之子》上、下集报道。其作品被中国美术馆、荷兰国家美术馆、美国檀香山博物馆、巴黎第四大学等地收藏。南京博物院设有永久性“吴为山文化名人雕塑馆”。
澳门理工学院设有“吴为山教授雕塑工作室”。2007年韩国釜山始建“吴为山雕塑公园”。2006年由民盟中央、
中国美术家协会、江苏省委宣传部、南京大学等九家单位在中国美术馆联合举办《文心铸魂——吴为山雕塑艺术展》。国家美术馆收藏吴为山雕塑作品八件。2007年受江苏省、南京市政府委托，主持并设计创作了
侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆扩建工程大型群雕，引起海内外强大反响。吴为山教授被誉为“为时代造像者”。