南京大学经济转型和发展研究中心拟以
南京大学经济学、工商管理、
管理科学与工程三个一级学科，以及政治经济学、企业管理两个国家重点学科作为主要支撑学科；整合提升现有
教育部人文社会科学重点研究基地――
南京大学长江三角洲经济社会发展研究中心和
国家经济学基础人才培养基地；以社会学、法学和政治学为关联学科；以数学、计算机和信息管理等学科为技术支持；努力实现学科交叉、人才融合和资源共享，探索一条学科建设和科研创新工作良性循环、共同发展的管理模式。
本创新基地立足中国转型的现实背景，以世界范围内的经济转型与发展为对象，以中国经济可持续发展的需求为导向,以转型经济与管理的一般理论，转型中的经济稳定、经济增长与经济政策，转型中的产业组织与管理，企业制度和管理模式转型以及经济转型中的社会问题和社会保障等为主要研究对象，借鉴当代经济与管理的前沿理论和其他国家的有益经验，构造科学的经济转型与发展理论体系，建成国际一流的经济转型与发展学术研究中心。
本创新基地以经济转型与发展为主题，以学科建设为龙头，以队伍建设为核心，力争用10－15年左右的时间，使之成为凝聚国内外一流的研究转型和发展的杰出学者，出版具有当代国际前沿水平的学术成果，培养具有国际学术对话能力的从事经济转型和发展研究的学术带头人和学术骨干，并具有重要的国际学术影响的学术研究高地；力争使本研究基地成为解决经济转型与发展的重大理论和实际问题的思想库和智囊库；成为南京大学国际学术交流与中外文化交流的主要桥梁、纽带和窗口；成为国家和地方培养和造就高素质创造性人才的摇篮。