南京大学国家保密学院是设在南京大学校内、依托信息管理学院的学科平台和教学、科研资源，联合相关学科于2008年建立的国家第一所保密专业人才培养机构。学院由南京大学和国家保密局共同建设。

学院已经在2006级-2012级本科“信息管理与信息系统”专业设立了保密管理方向，在情报学硕士专业设立了安全情报方向。除了信管专业所必须掌握的数理、外语、计算机技术基本知识和应用能力外，保密管理方向的学生还必须具备信息安全保密法律知识、信息安全系统和管理制度设计能力和分析能力、保密防范技术知识、密码知识、涉密资料文档组织和保管、网络安全防护和黑客技术等方面的知识。教学内容涉及保密行政管理、保密法学和保密技术三类，并按照尽量贴近实践的要求，注重实验教学和实践教学。学院分别在苏州保密技术服务中心和南京国瑞信安公司建立了校外实践教学基地。省市保密专家和业务骨干作为基地的教师参与了教学实践的指导工作。每年成绩优秀、工作突出的学生享有“国瑞信安”奖学金。

保密学院毕业生走上工作岗位后分别在军工、国家机关和保密行政管理机构发挥着自己的作用。

保密学院办公室设在南大仙林校区信息管理学院楼A101-1室。