南京城市足球俱乐部原名南京枫帆足球俱乐部，成立于2014年12月29日。现参加中国足球协会甲级联赛，主场为五台山体育中心。

2014年12月29日，江苏枫帆建设集团有限公司在南京市民政局注册成立南京枫帆足球俱乐部。成立伊始，俱乐部以校园足球为基础，深耕青少年培训。

2017年11月1日，南京枫帆足球俱乐部完成工商注册。同年，南京枫帆足球俱乐部被南京市足球协会命名为“少儿足球育才基地”。

2018年，南京枫帆足球俱乐部雨花台中学0102年龄段球员为主参加南京市足协超级联赛，最终仅获得第8名。

2018年7月20日，南京枫帆足球俱乐部被中国足球协会认定为“全国社会足球品牌青训机构（2018-2020）”。

2018年，南京枫帆足球俱乐部与南京大学足球队联合成立了南京枫帆（南大）足球队，并获得2019年南京市足协十一人制联赛冠军，凭此南京枫帆队代表南京参加中国足球协会会员协会冠军联赛，在总决赛北区分区赛中，南京枫帆队七战全胜排名北区第一，取得中乙联赛优先准入资格，在随后的冠亚军决赛中击败深圳壆岗队获得中冠联赛冠军。

2020年，南京枫帆队在参加中乙联赛的首个赛季就提出了冲甲的目标，并且在A组泸西赛区中以8胜1平的不败战绩以第一名闯入了四强，但在半决赛中以总比分0比2落败于淄博蹴鞠队，无缘晋级中甲联赛。

2021年1月15日，俱乐部更名为南京城市足球俱乐部。随后，由于泰州远大、内蒙古中优以北京人和等球队的退出，南京城市足球俱乐部得以递补参加2021年中国足球协会甲级联赛，由此俱乐部完成了三年“三级跳”。同年4月，股东江苏枫帆建设集团有限公司将持有的60%股权转让至南京鼎竹电力设备工程有限公司。转让后，南京鼎竹电力设备工程有限公司占俱乐部60%股权，江苏枫帆建设集团有限公司占俱乐部30%股权，南京东乐宇体育文化发展有限公司占俱乐部10%股权，法定代表人仍为赵志刚。

2022年，南京城市队在中甲联赛中获得了14胜8平12负积50分的成绩，在18支参赛球队中排名第8位。

2023年，南京城市队在中甲联赛中几乎一直处于冲超序列中，但球队下半赛季有几场关键球没有打好，进攻端也一直无法稳定输出，在倒数第二轮主场不敌四川九牛队后彻底无缘冲超。最终，南京城市队以12胜13平5负积49分的成绩，排名中甲联赛第五位。

2024年，赛季初南京城市队由韩国籍主帅金钟夫执教，球队新援多达17人，国内球员中巩汉魁、黄威、南小亨、王皓、凌杰、魏渝人、胡书铭、张禹、孙恩明、杜国樑10人为正式加盟，刘家辉、王浩然、朱启文、石立山4人为租借加盟。而在外援方面，南京城市队则把混迹中甲多年的两大锋线“杀器”奥格布和奥努埃布都招致麾下，还有一名外援为莫雷斯切。在第6轮主场被佛山南狮队0比0逼平后，主教练金钟夫已因“身体原因”离开了球队，原助理教练法比奥接任。在第24轮遭排名垫底的江西庐山队2比1绝杀后，主教练法比奥离任。在中国足协杯赛场，南京城市队自第3轮起，先后客场1比0战胜深圳吉祥队、主场1比0战胜沧州雄狮队、客场2比0战胜青岛海牛队闯入八强，但在1/4决赛1比2不敌成都蓉城队，无缘四强。11月3日，2024赛季中甲第30轮在南京五台山体育场展开角逐，最终广州客场1-2遭南京城市逆转。12月，刘智宇出任南京城市主教练。