南京农业大学工学院是南京农业大学的二级学院。

1952年，原中央大学农业工程系和金陵大学农业工程系合并成立南京农学院农业机械化系，同年，在浦口校区成立华东机械化农业学校。

1955年，华东机械化农业学校更名为南京农业机械化学校。

1958年，农业机械化系与江苏省南京农业机械化学校合并成立南京农学院农业机械化分院。

1970年，南京农学院农业机械化分院搬迁至镇江，与镇江农业机械学院（现江苏大学）合并，撤销南京农业机械化学校。

1974年，恢复南京农业机械化学校。

1979年，成立镇江农业机械学院农业机械化系。

1982年，成立江苏工学院机械化系。

1985年，迁回浦镇原址成立南京农业大学农业工程学院。

2000年，南京农业大学农业工程学院更名为工学院。

2020年，南京农业大学将农业工程学科及机械工程学科及相关专业合并组成新的工学院。

截至2019年9月学院官网显示，学院设有4个系，有12个本科专业。

系：农业机械化系、机械工程系、电气工程系、管理工程系

本科专业：农业机械化及其自动化、交通运输、车辆工程、机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、工业设计、农业电气化、电子信息科学与技术、自动化、工业工程、工程管理、物流工程

截至2019年9月学院官网显示，学院拥有1个博士后科研流动站、1个一级学科博士点、3个二级学科博士点、3个一级学科硕士点、9个二级学科硕士点、3个专业硕士学位授权类别、4个专业硕士学位授权领域。

博士后科研流动站：农业工程

一级学科博士点：农业工程

二级学科博士点：农业机械化工程、农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程

一级学科硕士点：农业工程、机械工程、管理科学与工程

二级学科硕士点：农业机械化工程、农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程、机械设计及理论、机械制造及其自动化、机械电子工程、车辆工程、管理科学与工程、检测技术与自动化装置

专业硕士学位授权类别：电子信息、机械、工程管理

专业硕士学位授权领域：农业工程、机械工程、物流工程、农业机械化

截至2019年9月学院官网显示，学院共有在编教职工450人，专任教师233人，专任教师中教授17人，副教授75人，高级职称人员占专任教师的比例达到50%，具有博士学位、硕士学位教师205人，占专任教师总数的88%，现有国务院特殊津贴专家2人，教育部优秀青年教师1人，入选江苏省“333”工程2人，江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人2人，江苏省“青蓝工程”骨干教师9人，钟山学术新秀3人。

国务院特殊津贴专家：姬长英

江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人：汪小旵

江苏省“青蓝工程”骨干教师：康敏、郑恩来、于安记、汪小旵、李静、马开平

钟山学术新秀：李坤权、李静、郑恩来

注：名单不全

截至2019年9月学院官网显示，学院拥有1个国家级特色专业、1个省级特色专业、1个国家级精品在线开放课程、2门国家精品课程。

国家级特色专业：农业机械化及其自动化

国家级精品在线开放课程：《计算机网络》

国家精品课程：《农业机械学》《汽车拖拉机学》

省级特色专业：农业电气化

截至2019年9月学院官网显示，学院拥有省级科研平台3个、校级科研平台5个。

省级科研平台：江苏省智能化农业装备重点实验室、江苏省现代设施农业技术与装备工程实验室、南京农业大学（灌云）现代农业装备研究院

校级科研平台：农业工程研究室、农业生物环境与能源工程研究室、智能化研究所、现代设计方法及车辆技术研究中心、检测与控制研究室

截至2019年9月学院官网显示，近五年，学院承担国家科技支撑、国家863计划、国家自然科学基金等各类项目100多项，获国家、省部级科研成果4项，发表学术论文1000多篇，被SCI、EI等收录200多篇。

学院设学工处、学生团委等部门，开展新生开学典礼、新生军训、宿舍文化节等活动。