华北水利水电大学自1965年开始招收培养研究生，1978年在原北京校址成立了研究生部，2002年成立
华北水利水电学院研究生处，2015年更名为华北水利水电大学研究生院，研究生院与党委研究生工作部合署办公。
华北水利水电大学研究生院负责全校研究生教育和学科建设工作，主要职责为：组织学校研究生教育的改革，参与有关学校发展问题的决策，开展研究生教育研究工作；据国家计划、科技发展、社会需要和可能条件，研究制订学校研究生教育发展的中长期规划和年度招生计划；制订研究生教育的各项规章制度，做好研究生教育管理的日常工作，遴选研究生指导教师，加强研究生管理干部队伍建设，对研究生教育和学位授予质量进行检查和评估；加强学科建设，参与制订学校学科建设规划，调整和优化学科结构，促进新兴学科、交叉学科和新技术的发展；统一管理有关研究生教育的各种经费，参与确定学校涉及研究生教育的建设项目和经费预算；承担上级部门和学校委托的其他工作。
华北水利水电大学共有水利工程、地质资源与地质工程、
管理科学与工程三个博士学位一级学科点；水利工程、地质资源与地质工程、机械工程、动力工程及工程热物理、
控制科学与工程、
计算机科学与技术、土木工程、农业工程、数学、管理科学与工程、工商管理、软件工程12个硕士学位一级学科点；58个硕士学位二级学科点；有工程硕士、
工商管理硕士和农业推广硕士3个专业学位类别，水利工程、地质工程、农业工程、机械工程、项目管理、建筑与土木工程、动力工程、控制工程、
计算机技术、工业工程、物流工程、农业机械化和农业信息化等14个专业学位领域；13个一级学科省级重点学科，1个二级学科省级重点学科。