千年圣战主要讲述的是一个古老神话故事，讲述魔族和血族之间的战争。传说血族传说的核心，末日的祸首。然而魔族自诞生之日起便将血族与人类卷入了无休止的混战之中。他们认为，履行“圣战”的承诺是使血宿提前复苏的唯一方法。

混沌初开之时，天地连成一线，无岸无崖、无以分辨。由是诸神因太荒而现，没有名号、没有特质、没有命运。

有一位神，自山岩而生，所辖神宫，以“乐园”自诩，后世谓之“伊甸”。 

神为自己创造仆众，名之曰“人”。那时的人没有自由意志，世界平静，神的预想左右一切。其他神明心向往之，纷纷效尤。

后来泥藻所生之神幻化为蛇潜入乐园。神迁怒于人，将人逐出伊甸，另造“天使”日夜戍守，使人永世不得重归故里。人来到一无所有的荒原上，不得不为自己寻找栖身之所，并四处狩猎以伺后代。他们对创造了自己的神心怀敬畏，残存着为神招回膝下的一线希望。

不久，第一个人类家庭出现，亚当、夏娃是父母，两个儿子，大的叫该隐，小的叫亚伯。

亚伯较之该隐聪颖十分，深得神的宠爱。有次两人照例向上帝献祭，由于弟弟畜牧之便，奉上的是丰盛的肉食，该隐的小麦便招来上帝不满。该隐愤而谋杀了弟弟，翌日上帝问该隐他弟弟哪里去了，他辩称不知。上帝怒道：“狡赖！你弟弟的冤魂向我哭诉你的暴行，所以你得接受我的惩罚！”该隐于是向上帝求饶，但是上帝说：“不，我不会杀你，我知道你以后一定会被人唾弃，所以我给你一个记号，人人都会折磨你，但不杀你，让你永世受到诅咒!”

隐流落到红海附近，遇到了因不满上帝而跳红海的夜之魔女莉莉丝，她本是和亚当一同创造出来的，但因不满男上女下的体位，而离开伊甸园，同时也是撒旦的情人。在千年潜藏的吸血鬼传说中，该隐与莉莉丝谁才是真正的第一位吸血鬼，一直倍受争议。大多数人更相信上帝惩罚该隐是让他长生不死，正因如此，也有人认为莉莉丝才是真正的第一位吸血鬼。教会他如何依靠吸食活物的血以获取神力。女人将自己的血喂给该隐喝，该隐喝了她的血，顿时觉得力大无穷、能知未竟之事、可视不查之途。女人流干了鲜血，忽然坠身于火光之中，将该隐灼伤。该隐明白自己的弱点是惧怕火焰，因此昼伏夜出，再也不见太阳。该隐就是第一代血族。

血族将祖先该隐得到启示的一天划为血启元年。约在公元前一万七千年至一万九千年之间。

女人消失以后，该隐朝思暮想而不得，于是便依着女人的形象，取羊的五样脏器创造五条生命。他们就是第二代血族。此后该隐与孩子们一起远涉重洋，至丰泽平原（今亚洲与欧洲交界处）寻找父母。岂料他乡方一曰，人间逾千年。亚当夏娃已逝，他们的子孙果然如神所愿，视该隐为魔物，皆欲取其性命而后快。该隐悄然离去。遗下五个孩子三个为人类所杀。剩下两个隐姓埋名育有后代十三人（后世称为“血宿”）。他们就是第三代血族，血族传说的核心，末日的祸首。

十三血宿争勇斗狠，为了提高神力而大肆屠戮生灵。其中之一天赋异禀，不怕太阳，能够暂停时间。他将父母杀死，并吸食他们的血，发现血族的血可使凡人永生，使血族登圣。这十三血宿由此反目，连年征战不休。（血族称这场战争为“千年圣战”）战争的受害者，多半是人类。

神眼见造物遭受灭顶之灾，遂以洪水夷平大地，仅使一个忠实的信徒挪亚逃进方舟，人类方得延续。

洪水虽未取血宿性命，但却使之身受重创，不得不转入休眠。为了继续圣战，十三血宿各拥一族（第四到第六代），每一氏族皆继承了创造者的特质，因而各不相同。出乎意料的是，氏族沉迷安逸，彼此结盟，将先祖抛之脑后。重伤未愈的十三血宿气恼难当，发誓在重临天下之时将背叛者铲除净尽。

手弑双亲的血宿（血族戏称为“阿波罗”）说：“当我觉醒之时，世间再没有黑夜，烈日高悬，化凡人为蒸气，化血族为松粉。神将收回的，只有一片焦土。”

神君临火焰山，对先知亚伯拉翰说出了自己的名字：万军之神耶和华。

耶和华说：“你不可吃活物的血，因为那血就是他的生命。”它使人类世代与血族为敌，至死方休。

约三十年后，泥藻之神从血族先知拉摩拉（第六代）腹中破体而出，血族领袖当即跪拜迎候。神道：“我是灵力之神芙芝，掌控万物心智。我是血族唯一真神，不信我的血族，将身陷恐惧万劫不复。”

血族发现除去生育行为之外，喝过自己血液的人类亦可化为本族，获得永生。但血液对血族尤其珍贵，为避免遭到数量庞大的人类的围剿，血族刻意否认自己的存在。与此同时，永生的许诺，也使得大量人类自愿的充当血族的战士、食品和奴隶。

十二世纪前后，血族的一支蜕为魔族。魔族同样以鲜血为食，但他们血统污浊，相貌丑陋、神力怪异。他们的血液如毒浓般无法给人以神力与永生，举凡被他们撕咬过的人类立刻变为行尸。行尸没有任何意志，完全听凭创造者的摆布，与它的创造者结为一体，共享生命。魔族背叛了芙芝的宗教，受到芙芝的诅咒，永坠恐惧感的深渊不得超脱。因此，魔族转而崇拜血宿阿波罗和火焰。它们深信，只有“焚炉末曰”的到来，方可使灵魂得到解脱。

他们认为，履行“圣战”的承诺是使血宿提前复苏的唯一方法。在魔族看来，“圣战”囊括了一切的历史事件。即便是一个人类的心理斗争，也。

血族对血宿的传说又恨又怕。虽说他们表面上否定血宿的存在，心里却对末日传说的临近坚信不移。为了使种族永远延续下去，宏观及微观的准备工作一刻也不曾松懈。对魔族发动清洗，被认为是巩固权利和树立威望的重要步骤。这场波澜壮阔的战争一直延续。