据
上海市档案馆编著的《
上海名街》记录：清代
乾隆以后，
海禁开放，
上海港由于优越的地理位置，成为当时中国南北洋航运贸易的联结点。当时有文献这样记载：“凡远近贸迁皆由
吴淞口进泊黄浦”，这时的十六铺区域已经是中国最大港口。
地名学上“十六铺”的首现，是在清朝的咸丰、
同治年间，距今约140余年。为了防御太平军进攻，当时的
上海县将城厢内外的商号建立了一种联保联防的“铺”。由“铺”负责铺内治安，公事则由铺内各个商号共同承担。最初计划划分27个铺，因为种种原因实际只划分到了16个铺（即从头铺到十六铺）。而其中十六铺是16个铺中区域最大的，包括了上海县城大东门外，西至城濠，东至
黄浦江，北至小东门大街与法租界接壤，南至万裕码头街及王家码头街。1909年，上海县实行地方自治，各铺随之取消。但是因为
十六铺地处
上海港最热闹的地方，客运货运集中，码头林立，来往旅客和上海居民口耳相传都将这里称作“十六铺”，作为一个地名，这个名称也就被存用。
20世纪70年代，随着客运的迫切需要，原先的装卸区与客运站合并起来，以十六铺码头为基地，重新成立了上海港客运总站。由于设施陈旧跟不上，1982年，把原来李鸿章创办的
招商局仓库拆了，建造了十六铺新客运站。”新客运站吸引了成千上万人来参观，“当时有三大亮点：一是自动扶梯；二是摄像头监控；三是造了7个小候船室，落地门窗、空调、沙发，连市政府各委办都来借用。一时轰动上海。”
然而，公路大发展后，水路作为交通工具形式的衰落是历史必然。1998年，
沪杭甬高速公路全线开通，上海至宁波只需要4小时车程，这条水路航线面临停掉的可能。2004年9月，随着
十六铺客运码头定期航线被全部迁至地处
长江口的
吴淞客运中心，十六铺一度淡出人们视线。
由上海现代建筑设计集团担任设计总承包的十六铺地区综合改造一期工程，是对外滩十六铺地区的全面改造和全新开发。这片占地3公顷的基地，经过设计师们妙笔改造，告别了昔日老十六铺客运码头单一的形象和功能，华丽变身为绵延600米，贯通地上地下，总建筑面积为6．73万平方米的大型综合性建筑。 除了作为
黄浦江水上旅游中心外，如今的十六铺还具有公共
滨江绿地、大型商业餐饮和大型停车库等各种功能。
整个游船码头的岸上部分只布置了三座体量小巧、线条简洁，层高不超过四层的小楼，而环绕其周围的则是大片绿化以及江边特色的亲水平台。在这标高7.4米的景观岸线上，
绿化覆盖率达52%的“
空中花园”内，设计者还构筑起一组飘逸起伏的曲线形玻璃棚，名为“浦江之云”。最低处约9米、最高处20余米，就似一朵远方飘来的彩云。
“浦江之云”与三栋由石材饰面的小型建筑，在材质上形成现代与传统的对话，自然过渡了
浦西老
外滩建筑群和
浦东陆家嘴建筑群之间的巨大时代反差；又在造型上相互穿插呼应，成为总图上一条绵延不绝的主线，也成为现代
滨江表现形式的一种新体验。