故事发生在南宋年间，岳飞北上讨伐金兵，奸臣秦桧和金人勾结，假传圣旨，伪造了金牌想要送给岳飞，迫使岳飞带兵回朝。华山剑侠苗龙（
岳华饰）得知了秦桧的阴谋，于是带领一帮能人志士在半路拦截金牌，并且阻挡了聚贤堂派出刺杀岳飞的杀手。
聚贤堂没了主人，秦桧便找到了华山一剑金彦堂（
井淼饰）为新堂主，实则成为自己的傀儡。金彦堂是苗龙的师傅，同时，他的女儿金铄（
秦萍饰）亦深深的爱慕着仪表堂堂的苗龙。秦桧的送金牌之心不死，继续暗中安排，苗龙知道了金彦堂和秦桧的关系后，不得不背叛师门，斩断了和金铄之间的情愫，这让不知真相的金铄十分痛苦。
岳飞北伐期间，宋奸臣秦桧与金人勾结，派人送金牌召回岳飞，江湖志士自发在途中拦截，华山剑侠苗龙在截得金牌后，制服聚贤堂杀手。不久，秦桧新任命华山一剑金彦堂为聚贤堂新堂主，负责调度人手送金牌于岳飞，金彦堂正是苗龙的师傅，金彦堂之女金铄与苗龙相互爱慕，为了民族大义，苗龙不得不背叛师门和放弃儿女之情，金铄不知真相，迁怒于苗。在发生一系列事情后，误会终于消除，金铄和苗龙冰释前嫌。另一方面，在数次金牌被截后，金彦堂亲自出马。苗龙不得不面对师徒对决的局面。
《十二金牌》是从秦侩发12道金牌给岳飞的史实演绎而来的。话说南宋歼臣当道，不顾岳飞在前线奋勇杀敌切主张议和。从这段历史中，导演发挥了合理的想像。片中秦侩收买邪恶帮派“聚贤堂”连送十二道金牌，不料纷纷被江湖义士在半路劫杀。秦侩大为烦恼。