十三行遗址位于台北县八里乡，淡水河口左岸 ，附近的[土角屋]墙壁上，因为当年挖土造墙，顺便也把混在泥土中的古代陶器碎片，一齐黏上去，这些陶片表面上刻有凯达格兰族特有的几何压纹，因此这一片史前遗址，就被命名为十三行遗址·

1955年秋天，一位空军飞行员，驾驶著战斗机，飞过台北县观音山的时候，发觉附近有异常的磁力现象，推论该区有铁矿床存在，在海边的埤头村附近发现许多铁质石，他甚至拟定了一份钻探矿产的计画。

1957年，林朝棨教授断定该地的「铁矿露头」残渣，其实是史前人类所遗留的炼铁遗迹.又找到散布在土壤中一大堆史前人类所吃的螺贝，到处弃置的贝冢「垃圾堆」.

遗址位于八里坌市地重划区内，且为八里污水处理厂施工现址.前经台湾“中央研究院”历史语言研究所考古学组进行发掘，先後两次发掘一百六十一平方公尺发现陶器，石器，金属器，玻璃制品，骨制品，生态遗留，墓葬，建筑遗留等文化资料，可见遗址所保存之史前文化遗存相当丰富.

遗址上部分地区正进行污水处理厂相关工程，该工程进度属行政院列管事项，为免该遗址地下埋存之文化资产受工程破坏，宣依“行政院文化建设委员会”1989年10月21日昭开协商十三行遗址发掘维护事宜会议，协商结论事项由中研究院抢救发掘，并于该工程全面开工时进行工程中之监测，视发现情形随时挖掘，其发掘资料并做适当整理和保存.