除位于函馆的水产学部外的所有学部，研究所和研究中心都设在这里。仅仅学生
食堂就有10处以上。校园的主要大道为一条长1500米的南北向大道。各个学部分布在其左右。校园的东侧紧靠着札幌
火车站，也靠近札幌地铁的12条站和18条站。
北大校园内最著名的景观就是白杨林荫大道，位于理学部与工学部之间靠近实验农场附近，长约300米。1999年起，校园中部的旧理学馆大楼改建为
北海道大学综合博物馆。位于校园北区的札幌农学校第二
农场，是明治时期的
建筑物。主校园的南面由
北海道大学植物园，与主校区相距几千米，是札幌市中心最大的
绿化地带。
函馆校区位于函馆市区。由水产学部和水产科学研究所组成。前身为札幌农学校水产学科，1935年改名为函馆高等水产学校独立于北大，1949年随着新制大学制度的施行，并入北海道大学，与农学部水产学科合并为现在的水产学部。