为了引领生命科学发展潮流，推动我国蛋白质组研究的发展，整合国内优势资源，提高国际竞争实力，2004年6月30日，由军事医学科学院、中国科学院、中国医学科学院、清华大学、北京大学、江中集团及北京生物技术和新医药产业促进中心共同创建北京蛋白质组研究中心。2005年10月29日，中心入驻中关村生命科学园。

北京蛋白质组研究中心致力于具有自主知识产权的蛋白质组和功能基因组的研究与开发，目标是建设国际一流的集蛋白质组科学研究与开发、技术创新、人才培养、成果转化、信息交流与技术服务于一体的国家级研究中心和基地。

中心目前已建立蛋白质表达谱、修饰谱、相互作用、定位、抗体工程、生物信息学、功能蛋白质组、功能基因组、蛋白质组新技术和蛋白质工程等尖端高通量技术平台。

秦钧，北京蛋白质组研究中心主任，美国贝勒医学院教授，分子研究与通路发现中心主任，著名的生物质谱学家和生物化学家，在质谱仪器设计、蛋白质组研究方法进展和生物研究等领域有一定的造诣，尤其在DNA损伤反应、通过分离鉴定内源性蛋白质复合体发现核激素，鉴定体内翻译后修饰并诠释功能特性等方面有突出贡献。发表研究论文100余篇，包括以责任作者在Cell、MolCell、Genes & Developments 和P Natl Acad Sci USA等上发表的多篇论文.