北京师范大学系统科学学院的前身可追溯到1979年成立的非平衡系统研究所，2013年4月组建系统科学学院。
北京师范大学系统科学学科建设起步早，并具备了突出的特点和优势。三十多年来，北京师范大学系统科学学科已经成为基础坚实、特点突出、实力雄厚，具有较强竞争力和发展潜力的优势学科。
2017年9月21日，教育部、财政部、国家发展和改革委员会联合发布《关于公布世界一流大学和一流学科建设高校及建设学科名单的通知》，其中北京师范大学入选国家“
世界一流大学”建设A类名单，系统科学学科是北京师范大学入选国家“世界一流学科”建设名单的11个学科之一。