北京师范大学生态学研究所下设5个研究室：以生物多样性保育为中心，从宏观到微观、从理论到应用，开展生物适应性、种群动态、生态系统功能等方面的研究工作。

生态系统分析与区域评价

在长期定位观测基础上，综合不同学科、不同尺度的研究和数据，采用空间建模方法耦合生态系统结构与功能，为开展有效的生态系统管理工作奠定科学基础。植被格局动态与水文循环过程的关系；在斑块到景观尺度上，以生理生态学过程为基础，构建生态系统结构与功能（水文）模型；探讨生态系统效益评价的理论与方法；温室生态系统中主要成分间相互作用及网络控制。

种群与行为生态

研究物种濒危与爆发的过程与机制、昆虫种群空间过程与多物种集合种群动态、刺吸式昆虫对植物的选择、种间关系及害虫治理，植物－害虫－天敌的三营养级关系及其建模等；开展啮齿类动物的种群动态及其调节机制、配偶选择、双亲行为、生殖合作、亲缘识别、幼鼠行为发育等方面的研究工作。近年来陆续开始进行大熊猫、亚洲象等珍稀濒危兽类的行为生态学和栖息地保护等领域的工作。

濒危物种生态学

发挥我国的资源优势，以野外生态学研究为主，结合分子生物学、无线电遥测和3S技术等现代手段，从就地保护和易地保护两方面对我国特产濒危雉类黄腹角雉、褐马鸡、白冠长尾雉等开展系统、深入的研究。将原产亚热带高山的黄腹角雉成功地在北京育成人工种群，在国内首次建立了濒危雉类的人工授精技术，并在受精生物学和人工受精技术上取得重要突破。近年来的研究重点为珍稀濒危雉类的生态适应机制、种群动态、驯养繁殖及其保护对策等。

理论生态与进化生物学

生境破碎化和斑块环境中集合种群动态与物种逃命共存的机制；检验我们提出的“遗传漂变”、“局域配偶竞争”、及“性别冲突”等物种多样性稳定维持假说；理论与实验有机结合，揭示生物多样性的生态系统功能；探讨资源分配、交配系统和近交衰退的联合进化、个体大小变异和表型可塑性，同时应用ESS概念研究干旱作物种群根系和产量的关系, 检验和完善作物种群竞争选择-生长冗余理论。

生理生态与分子生态

在长期对小型哺乳动物生理生态学研究的良好基础上，宏观研究（种群和个体水平上）与微观研究（细胞与分子水平上）相结合深入系统地探讨不同环境因子对生物的影响以及生物对环境的适应性反应。不同生境下小兽的热能代谢模式及其神经内分泌调节机制；冷环境下小兽适应性产热调节机制及调控蛋白的基因表达及其适应性变化；探讨野生动物种群或个体在不同生态因子影响下能量分配策略的变化，为生态系统的有效管理，动物生活史理论的发展提供理论数据；不同条件下物种的遗传变异与分化、基因流及进化；运用先进的分子研究手段揭示物种分化与进化的机理及其影响因素；同时探索动物对环境胁迫的应激性反应及其免疫功能的变化，观测不良环境变化对动物适合度的影响及其作用机理。

1923年 — 动物学教研室

1984年 — 生态学博士点

1987年 — 生态学科研室

1987年 — 国家教委第一批国家重点学科

1995年 — 生物学博士后流动站

1997年 — 生态学被列为学校“211”工程重点建设学科

1998年 — 生态学研究所

2000年 — 生物多样性与生态工程教育部重点实验室（与复旦大学联合）

2001年 — 教育部第二批国家重点学科