北京市种子管理站隶属于北京市农业局，为参照公务员法管理事业单位，具体负责北京市农作物种子管理和监督工作。内设执法与监督科、质量管理科、品种管理科、行业管理与服务科、计划财务科、人事科、后勤物业管理科和办公室8个科室。农业部种子及转基因生物产品成分监督检验测试中心（北京）、北京市农作物种子质量监督检验站、北京市农作物品种审定委员会办公室均设在本站。

北京市种子管理站以科学发展观为指导，以“构建和谐种业，促进都市型现代农业发展”为目标，积极推进“1+4”种子管理体系建设，即种子执法监管体系和“品种区试、展示与示范体系，种子质量监督检验体系，种子标准化体系，种子产业信息服务体系”4大技术支撑体系。通过体系建设，提高种子执法监管技术水平，搭建种业科技成果转化平台和种业信息交流平台，推动首都籽种产业健康快速发展。

　　一、承担北京市农作物品种试验与适应性评价工作，以及农作物种子质量检验、种子质量纠纷田间现场鉴定、转基因成分检测工作。

　　二、负责北京市南繁单位的联络、协调和管理工作。

　　三、承担农作物种子、农作物种质资源和农业转基因生物安全管理的技术性、辅助性和服务性工作。

　　1.参与起草北京市农作物种业有关地方性法规、政府规章、政策措施、行业标准、发展规划的技术性、辅助性工作，并协助组织实施。

　　2.农作物种子、食用菌菌种、农作物种质资源、农业转基因生物安全方面行政审批的技术性、辅助性工作。

　　3.主要农作物品种审定和非主要农作物品种登记的技术性、事务性工作。

　　4.农作物种子质量认证相关具体工作。

　　5.农作物种业成果转化和农作物种业知识产权规范使用相关工作。

　　6.农作物种业数据统计分析、信息监测工作，协助起草年度农作物种业发展报告。

　　7.救灾备荒种子储备、调拨相关工作。

　　8.农作物种质资源保护相关工作。

　　9.参与农作物新品种推广名录拟定工作。

　　10.种业大会筹备、种业智库服务的辅助性工作。

　　11.农作物种子相关关键技术的引进评价。

　　12.农作物种子、农业转基因生物安全方面行政执法的技术支持工作。

　　四、承办机关交办的其他事项。