1952年中国微生物学会正式成立时，为便于在北京地区的微生物学工作者及时进行学术交流，汤飞凡倡议并支持，于1952年11月筹建了北京分会（即北京市微生物学会前称）。郭可大被推荐为理事长，有11名理事，包括工业、农业、医学、兽医等微生物学专家和病理学、寄生虫学方面的专家。北京分会接受“中华全国自然科学专门学会联合会北京分会（简称科联）”的领导，组织多次学术讲演和参与“科联”活动。

1954年5月29日经北京市民政局批准（民社（54）字122号文件），正式成立中国微生物学会北京分会，成为合法的学术团体，并作为“科联”的正式成员参加科联的各项活动。

1954年成立第一届理事会，理事长是协和医院张宽厚，有14位理事。设有细菌组、病理组和寄生虫组，有会员261人。第二届理事会于1955年在原有基础上稍作调整补充，黎希干任理事长，分会活动继续上届的内容和方式。第三届理事会于1956年3月成立，理事长陈正仁，秘书长王用辑，共有15位理事。仍设细菌学组、病理学组和寄生虫学组，工业和农业微生物学包括在细菌学组活动。

1956—1957年学会活动十分活跃，会员增加至300余人。1958年“大跃进”时期，理事会未能改选换届。20世纪 50年代末至60年代初，北京分会理事会虽未换届，但学术活动并未停止。北京分会的日常工作由秘书长 王用楫教授主持。1965年至1977年，北京分会各项工作完全停止。

1978年北京分会活动逐渐恢复，1979年北京分会进行了调整，病理学组与寄生虫学组各自组织专业学会，不再参加本会活动。1980年，在市科协的领导下修改了学会章程，按规定改为北京市微生物学会。

第四届理事会于1983年成立，陈正仁连任理事长，刘秉阳为副理事长，共有理事24位。为适应当时学科的发展分为工业、农业、医学、兽医四个专业微生物学组，学会会员超过500人。第五届理事会于1987年4月成立，章以浩任理事长，徐浩、辜清吾为副理事长。陈正仁为名誉理事长，张永福任秘书长。五届理事会成立伊始，本会即履行重新登记手续，经审核合格，市民政局向本学会颁发了学会登记证书，证号为京字第82号。

第六届理事会于1993年9月成立，赵铠为理事长，洪俊华、陈民钧为副理事长，张永福连任秘书长。北京市微生物学会经审查属于有法人资格的学会，获得注册号为“注册字0010390”社会团体法人登记证书明。第七届理事会于1998年12月14日成立。理事长赵铠连任，副理事长洪俊华、李元芳，秘书长史德林（北京生物制品研究所），名誉理事长章以浩。

本学会在历届理事会领导下，特别是在第六届理事会以后，积极开展了各有关学科的大型学术活动，例如1994年学会成立的四十周年举办了青年论文报告会，1999年，是为庆祝中华人民共和国成立五十周年和迎接澳门回归，组织了青年科技创新论坛报告会。2001年9月，以“21世纪微生物学与环境和人体健康”为主题特邀闻玉梅、曾毅、洪涛三位院士讲演，组织了14位青年骨干做科技论坛报告。

此外，每年配合市科协开展科技周、学术月，进行科普咨询，送医下乡、送科技下乡，开展新技术培训，组织“厂会”协作、学会之间协作等活动，较为活跃。

本届学会会员单位有32个，会员人数1100人。

本届学会获市科协科技周组织奖3个、表扬学会奖2个、学术月一等奖1个、青年讲演一等奖1名和三等奖1名。