《北京大学纪事1898-1997》是按年、月、日来纪事的。《北京大学纪事1898-1997》的纪事主要根据档案材料和当时报刊的报道，包括《北京大学日刊》、《北大周刊》、《北大校刊》等枫内报刊的报道，也采访了一些校内外的有关人士，特别是有些比较重要的事情，文字记载不全、有错，甚至没有文字记载的，如有可能，均向有关人士进行专访，并根据专访的材料加以补充或校正。《北京大学纪事1898-1997》的西南联大部分，参考了并部分采用了《西南联合大学校史》中的西南联合大学大事记，参考了《
清华大学史料选编》中的部分资料。《北京大学纪事1898-1997》的解放前部分，在引用当时政府的命令、布告、公函等文件中，有对中国共产党和进步团体、进步师生的蔑称，如“奸党”等，因是引文，不便改动，请读者明察。《北京大学纪事1898-1997》的解放前部分，有些机关、团体、学校等名称为简称，无全称，限于时间，未及一一查考，只好一仍其旧；某些带有时代特点的语言，在今天可能不可习惯，但一时找不到合适的语言代替，也只好照旧。