生物医学实验教学中心（简称中心）是在学校对基础医学教育构架长期运筹和设计的基础上，以世行贷款为契机，密切结合学校“985”项目以及国家自然科学基金《理科基地建设》项目，以“建设一流大学的实验教学中心”为目标，使原来的基础教学实验室建设成为管理科学、设施先进、教学内容先进的大型现代化实验中心。

北京大学生物医学实验教学中心在主管教学副校长的亲自主持下，学校多部门（教育处、实验室与设备管理处、人事处、基建处、财务处、图书馆和基础医学院）、多学科（涉及12个学科）的大力支持下，投入巨大的人力、精力和财力，经过筹备阶段（1998～2000年），硬件建设阶段（2001～2003年），全面实验教学改革阶段（2004～现在），从教学理念、教学内容和教学方法改革到基础建设改造、设施更新、设备配置等方面进行了持久的工作，使原来管理分散、设施陈旧的基础教学实验室建设成为管理科学、设施先进、教学内容先进的大型现代化实验中心。

通过对12个基础医学学科的实验课进行有机重组、整合和改革，形成了机能（生理学、药理学和病理生理学）、形态（解剖学、组织与胚胎学、病理学）、生物化学与分子生物学、病原与免疫（微生物学、寄生虫学和免疫学）、细胞生物与遗传（细胞生物学和遗传学）五个实验模块，基础性实验、综合性实验、研究性实验三个层次构成的具有北京大学特色的基础医学实验教学体系。为促进医学生知识、能力、素质的协调发展，特别是创新能力的提高提供了良好平台。目前中心已经成为培养创新人才的重要基地、基础医学教学改革的重要支柱。

近年来，随着中心建设力度的不断加大，中心的硬件建设和实验教学水平又上了一个新台阶，2006年被评为北京市高等学校实验教学示范中心，中心正在向着国际先进水平的实验教学基地迈进。