北京大学新结构经济学研究中心是依托于
北京大学国家发展研究院而设立的实体机构。中心以深化新结构经济学研究、推广和运用为使命，致力于开展与新结构经济学相关的基础研究、人才培养、数据库建设、学术交流与智库建设等方面的工作，旨在引导中国和其他发展中国家摆脱基于发达国家经验的主流发展理论的束缚，探索出一条适合各发展中国家自身特点的现代化之路。以推进自主理论创新为着力点和突破口，北大新结构经济学研究中心将有望发展成为引领国际发展思潮的学术研究基地和世界一流的高端智库。
北京大学新结构经济学研究中心（Center for New Structural Economics at Peking University）致力于立足中国和其它发展中国家的发展经验进行理论的自主创新，成为引领国际发展思潮的学术研究基地和世界一流的旗舰型智库机构。
2017年12月22日，北京大学新结构经济学研究中心已正式更名为北京大学新结构经济学研究院（Institute of New Structural Economics at Peking University），由世界银行前
首席经济学家兼高级副行长、
北京大学国家发展研究院名誉院长林毅夫任院长。
北京大学新结构经济学研究中心以深化新结构经济学的研究、推广和运用为目的，开展和新结构经济学相关的基础研究、研究队伍建设、人才培养、数据库建设、学术交流与智库建设等方面的工作；引导中国和其他发展中国家的专家学者和青年学子以及迫切希望推动本国长期经济发展的政府和知识精英，尽早掌握运用新结构经济学的理论，摆脱基于发达国家经验的主流发展理论的束缚，探索出一条适合各个发展中国家自身特点的现代化之路，引领国际学术思潮。
新结构经济学是林毅夫及其团队过去20多年来研究中国和其他发展中国家经济发展和转型成败经验而总结出来，逐步充实完善的一个新的发展经济学的理论体系。新结构经济学强调经济发展是一个产业、技术、基础设施、制度结构不断变迁的过程，在这个过程中既要有“有效的市场”也要有“有为的政府”。自2011年正式提出后，已在国际上被称为是继结构主义和新自由主义之后的第三波发展理论思潮，产生了一定的影响。习近平主席2015年9月26日在联合国大会上的发言强调：“各国要根据自身禀赋特点，制定适合本国国情的发展战略。” 在联合国南南合作圆桌会上指出各国“要发挥各自比较优势”，这些正是新结构经济学的核心理念和分析的切入点。习主席同时宣布要在中国“设立
国际发展知识中心，同各国一道研究和交流适合各自国情的发展理论和发展实践”，这也正是北大新结构经济学研究中心的宗旨。