1921年称北京大学研究所国学门，后改称北京大学研究院文史部。沈兼士、刘复先后为主任。1934年始称北京大学文科研究所。
抗日战争时期该所于1939年在昆明恢复，1945年随校迁回北平（今北京）。1952年停办。历任所长有胡适、傅斯年、汤用彤、罗常培等。
该所学术资料丰富，工作范围广泛。其不同阶段的工作重点不尽相同。历史、考古方面的工作，有整理编纂清内阁大库档案，参加1928～1929年
西北科学考察团考古工作并整理所获居延汉简，参加1942～1943年和1944～1945年西北科学考察团甘肃考古工作，整理所藏甲骨、封泥、古钱、金石拓片，整理古籍，编纂太平天国史料，整理民国史料等。语言、文学方面的工作，有文字学研究、音韵学研究，西南少数民族语言调查整理研究，关中方言资料整理，歌谣采集整理，语言乐律实验室工作，中国文学史和文学古籍研究，西洋文学研究等。哲学方面的工作，有中国哲学和宗教史研究，西洋哲学编译等。培养研究生是该所经常工作之一。以1941～1945年为例，任研究生导师的有罗常培、李方桂、丁声树、唐兰、罗庸、杨振声、汤用彤、陈寅恪、
姚从吾、
向达、郑天挺等，四年中毕业研究生二十余名。出版物有多种专著和《国学季刊》（1923.1～1952.12，出至七卷三号）。