北京大学学科建设办公室是在原985/211工程办公室的基础上设立独立建制的职能部门，在学校学科建设委员会的领导下，负责全校学科规划和建设，负责“统筹支持一流大学与一流学科建设”和“高等学校基本科研业务费”等学科建设经费的日常管理工作。

1. 为各学部履行职责提供行政支撑与服务，依托各学部开展学科建设与规划工作；组织编制综合和专项学科规划和建设方案，监督检查学科规划和建设方案的实施进展。

2. 调研国内外学科发展和学科建设的动态，为学校学科发展提出政策建议。

3. 负责管理“统筹支持一流大学和一流学科建设”经费，“中央高校基本科研业务费”等学科建设经费。

4. 协助学科建设委员会组织校级学术实体单位的申报、论证和成立等工作，组织和协调校内公共平台和交叉学科的规划和建设。

5. 制定学科建设经费使用和管理的相关规章制度。

6. 指导和协助院系制定学科规划和年度建设方案，指导和协助院系推进学科建设项目。

7. 协助项目建设单位接受上级和校内有关部门对学科建设项目审计和检查工作。

8. 负责学科建设信息化工作。

9. 负责对院系、学科建设重点项目和平台进行投资效益评估；联合相关部门开展院系（新体制科研机构）国际评估。

10. 承担校学科建设委员会及其下属分会的秘书处的相关工作。

11. 完成上级主管部门和学校领导交办的其它工作。

学科建设办公室内设机构3个：

1. 综合办公室：负责办公室综合行政事务：人事、财务管理工作；收发文、OA管理；印章的管理使用和档案整理工作；对外、对内的接待和办公环境的整治及安全保卫工作；信息管理系统维护与管理；负责督查督办、巡视整改、提案交办工作；负责院系国际评议工作。

牵头协调：“双一流”建设方案编制等重要方案、政策性文档编制；北京大学学科建设年报编印；工作总结、工作计划、北京大学年鉴编制；各种类型会议组织；教学科研单位发展绩效评估；校领导各类讲话、文稿起草；国内共建工作。

2. 项目管理办公室：负责基本科研业务费申报、预算、拨款、执行等全过程管理；引导专项申报、预算、拨款、执行等全过程管理；“双一流”建设年度进展报告和总结验收工作；校内公共平台建设需求跟踪管理。

3. 学科规划办公室（研究室）：根据学校学科发展战略布局，负责研究制定校级层面有关专项学科规划工作；负责实体研究机构的设立、评估、调整、撤销、负责人遴选与换届等相关管理工作；负责校学术委员会秘书工作；负责学部、院系学术委员会换届、调整的审核工作；受理学术不端申诉，协助开展调查研究；做好校学术委员会全体会议的筹备、组织召开工作，推进落实相关会议精神；负责学科建设委员会及其分委员会的秘书工作；做好学科建设委员会全体会议的筹备、组织和会议精神贯彻落实工作；做好学科建设委员会全体会议的筹备、组织召开工作，推进落实相关会议精神。

理学部办公室、信息与工程科学部办公室、人文学部办公室、社会科学学部办公室以及经济与管理学部办公室等5个学部办公室作为学部日常办事机构，挂靠在学科建设办公室。

学部办公室围绕学部职责，配合学部主任、副主任开展工作，充分发挥协调作用，做好秘书、文书、信息管理、会务组织、日常综合事务以及校、学部和学科建设办公室交办的其他工作。理学部办公室、信息与工程科学部办公室、人文学部办公室、社会科学学部办公室以及经济与管理学部办公室等5个学部办公室的具体职责如下：

1. 为学部履行职责提供行政支撑与服务。

2. 负责学部办公会议、学部学术委员会会议等学部层面会议的组织工作，为学部决策提供服务支撑和落实保障。

3. 做好相关秘书工作，组织起草学部运行规则等相关规章制度，学部公文处理，学部信息收集处理，协调安排相关活动，负责学部与学校、职能部门、本学部所属学术机构的相关沟通协调等。

4. 完成学校、学部和学科建设办公室交办的其他工作。