北大国学研究院于2002年开始招收博士生，先后聘请文史哲及考古方面的七位学有专长的著名学者共同担任导师，提供有利于各学科交叉的课程安排、学习形式及论文指导方式，在 “中国传统文化”的大方向下，鼓励学生选择多方向交叉的博士论文选题，以培养知识和视野较为开阔、能够进行跨学科综合研究的博士生，学制3－4年，第一学期不固定导师，第二学期确定方向及导师，学生修满学分，并且通过论文答辩，即授予博士学位。
2000年初，北大
中国传统文化研究中心更名为
北大国学研究院。继续发扬传统文化研究中心“龙虫并雕”的方针。“既雕龙，又雕虫是国学研究院一贯的作风，”北大国学研究院院长袁行霈教授表示，“国学研究院十几年来致力于把大学文化延伸到社会，把高雅文化普及到大众，以将中国传统文化延续和发扬。”
师从袁行霈先生的曹胜高、严文明先生的弟子员雪梅以及师从楼宇烈先生的王玮成为北大国学研究院首届博士班的毕业生。三年期间，国学研究院的导师为他们开设了两门独立课程。一门是《专书选读》，每学期由一名导师讲授一部原典著作，楼宇烈先生讲授的《论语》、袁行霈先生讲授的《陶渊明集》、陈来先生讲授的《中庸》等。“传统文化的原典著作是最具有代表性的，有益于国学研究基本功的锻炼，”国学研究院常务副院长吴同瑞教授谈到教学设置时介绍说，“古代文献很多都是哲学、文学、史学相通的，这些正与我们培养文、史、哲相通的人才的目标相一致。”
国学研究院开设的第二门独立课程是《中国传统文化专题研讨》，课程秉承“教学相长”的精神，每学期由一位导师每周上一次讨论课，师生共同讨论，由导师讲授当前传统文化的前沿问题、最新状况，师生共同探讨，如严文明先生讲授“中国考古的新发现”谈论的就是当前考古学界最新的进展。
“‘中国传统文化专题研讨’、‘专书研读’这些课程使我们系统地了解了文学、历史、哲学和考古等学科的研究方法、研究思路、研究动态，为博士论文交叉选题和跨学科研究奠定了良好基础。”《论东汉迁都之争与京都赋的创作》是毕业生曹胜高博士论文的一部分，文章于这个月发表于《国学研究》第十五卷，而北大出版社还将为其博士论文作专刊，他的这篇论文正体现了跨学科研究的特色。“三年多来，通过与国学院导师的接触，使我意识到做学问就要做天下的学问，做学者就要做天下的学者，认识到跨学科研究的必要性和一些必要的方法，还努力养成人品与学问双修治学和修身习惯。”曹胜高毕业后被邀请到
东北师范大学筹建传统文化研究中心，继续致力于中国传统文化研究的学术探索。
曾从事过八年文物考古工作的员雪梅三年前进入国学研究院作
考古学及博物馆学博士，研究方向是
新石器时代玉器，曾参与东胡林遗址的发掘与资料整理，通过在国学研究院就读期间广泛选修文、史、哲方面的课程，她将田野调查与跨学科研究结合起来：“我的专业方向是玉器，它本身也是传统文化的一部分，通过学习可以将燕赵、海岱及中原地区的出土玉器进行全面的多学科的综合研究，相信对于中国玉文化的研究乃至
中华文明起源研究也有重要参考价值，这些与研究院各位导师对我在中国传统文化上的栽培是分不开的。”员雪梅毕业后进入中国地质大学任教。研究院另一位毕业生王玮也进入中联办广东办面向港澳地区继续从事中国传统文化的传播与交流工作。
“国学研究院以北大最强的学术资源培养国学方面的高层次人才，拓展了国学跨学科研究的新途径,为北大的传统文化研究作出了突出贡献。”北大常务副校长林建华表示。据了解，国学研究院中国传统文化博士生班已招收了三届共12名学生，研究院秉着“宁缺勿滥”的原则严格控制报考名额，几年来，报考与录取比例大约为10：1。
十三年来，得到著名学者南怀瑾、查良镛以及国家“985”工程的支持，国学研究院一方面积极组织重大课题研究，召开国内、国际学术会议，努力提高国学研究的学术水平，编辑出版《国学研究》学刊和《国学研究丛刊》（著作集）。《国学研究》自编撰以来，已在学术界享有相当高的威望，并被世界汉学家们视为了解中国学的权威性刊物。2002年起，该刊改年刊为半年刊。近几年来，研究院还组织北大人文学科的37位优秀学者集体编著四卷本学术专著《中华文明史》，这部著作还未付梓就已引起美国汉学家的兴趣，拟由其翻译并由耶鲁大学出版社出版。另一方面，研究院大力开展中国优秀文化的普及和传播工作，研究院还与美国媒体合作拍摄了100集的电视系列片《中华文化讲座》并与中央电视台合作拍摄了和150集的电视系列片《
中华文明之光》，还出版《中国历史文化知识丛书》（50种）和配图本《
中华文明大视野》（一套8册）。许多成果多次获得国家级、省部级和校级奖励，在国内外产生广泛的社会影响。